مرحلة توثيق النظم خاصة عند القيام بعمليات التنفيذ والمتابعة والتقييم والتصحيح . وتوثيق النظم يعني إعداد مستندات وصفية للنظام ككل، وتعليمات وإجراءات التشغيل، وخرائط التدفق . أي أن توثيق النظم هو تجميع لكل المستندات الخاصة بالنظم طوال دورة حياة النظم (أي خلال مراحل التخطيط والتحليل والتطوير والتصميم والتنفيذ) وحفظها بصورة منظمة للرجوع إليها مستقبلاً عند الحاجة لتحديث أو لتطوير النظم أو غيره من الأغراض الأخرى. وهناك عدة أسباب تبرر أهمية التوثيق في نظم المعلومات المحاسبية، أ) وصف كيفية عمل النظام فعملية التوثيق تساعد المستخدم في تشغيل النظام، كما تساعد العاملين الجدد في التعرف على واجباتهم ومسئولياتهم والصلاحيات المخولة لهم . جـ) تدريب مستخدمي النظم تتضمن عملية التوثيق عادة دليل استخدام للمساعدة في تشغيل النظام، وكذلك برنامج خاص لتدريب مستخدمي النظم . كما تعد مرجعاً مهماً لمخططي البرامج عند إجراء أي تعديل على البرامج الحالية . هـ) الرقابة على تطوير النظم وتكاليف الصيانة: عند استخدام برامج تطبيقية جاهزة من السوق، يجب التأكد من عملية التوثيق لتسهيل عملية التطوير والصيانة للنظام . ز) مراجعة نظام المعلومات المحاسبي: ففي حالة المراجعة فإن عملية التوثيق تسهل عمل المراجع، وبخاصة عملية تقييم نظام الرقابة الداخلية؛ وبناء عليه يقوم بتحديد نطاق عملية المراجعة . لا بد من التأكيد على ضرورة أن تكون عملية توثيق النظام مصاحبة لكل خطوة من خطوات تخطيط وتحليل وتطوير وتصميم وتنفيذ النظام . وهذه عملية على درجة كبيرة من الأهمية ؛ هذا ، ويشتمل توثيق نظام المعلومات على الوثائق الخاصة بتحديد وتحليل المشكلة والوثائق التي تصف النظام، والوثائق التي تستخدم أثناء تشغيل النظام ؛ حيث يساعد هذا التوثيق الإدارة فيما يلي :