عندما عاد الشيخ محمد لدبي في عام 1968،  عينه الشيخ راشد رئيسا لشرطة دبي والأمن العام.  تم تعيين الشيخ محمد وزيراً للدفاع،  التقى المغفور له الشيخ زايد،  حاكم إمارة أبوظبي مع المغفور له الشيخ راشد،  حاكم دبي لبحث إماكنية تأسيس اتحاد بين إماراتي أبوظبي ودبي. رافق الشيخ محمد الده إلى ذلك الاجتماع،  وقال إنه لا يزال يتذكر الكلمات القليلة التي استهلت إنشاء دولة الإمارات العربية المتحدة في 2 ديسمبر 1971.  اجتمع حكام إمارات كل من أبو ظبي،  وولي عهد أم القيوين نيابة عن والده الحاكم،  حيث وقعوا على دستور مؤقت ينظم إنشاء دولة الإمارات العربية المتحدة.  قامت القوات المسلحة لدولة الإمارات بأول مهمة دولية لها،  عندما أمر الشيخ محمد إرسال قوات إماراتية مسلحة إلى لبنان للانضمام الى قوات الردع العربية في مهمة لحفظ السلام.  أعلن الشيخ راشد عن تشكيل لجنة برئاسة الشيخ محمد،  ساهمت إدارة الشيخ محمد في وضع إمارة دبي كمركز للطيران الدولي،  تناول الشيخ محمد أيضاً الملف النفطي لإمارة دبي،  لاعتمادها على تصدير النفط كأهم ركيزة اقتصادية.  تولى الشيخ محمد مسؤولية المنطقة الحرة في جبل علي، وكان لمجالس الشيخ محمد نفس الوقع والتأثير والأهمية التي ميزت مجلس والده المغفور له الشيخ راشد.  وكانت تلك الفترة عصيبة جداً بالنسبة إلى الشيخ محمد وإخوانه، تصدرت القوات المسلحة في دولة الإمارات جهود التحالف لتحرير الكويت،  بتوجيهات من المغفور له الشيخ زايد، والشيخ محمد بن راشد دوراً هاماً في الجهود المبذولة لإرساء السلام، تولي الشيخ محمد ولاية العهد في إمارة دبي
  قام الشيخ مكتوم، وفي عام 1995 ، وفي أواخر 1995 ،  تم افتتاح مبنى الشيخ راشد،  بتكلفة تقدر بـ 540 مليون دولار أمريكي. وفي 29 أكتوبر 1999،  ونمط يمكن الشركات الجديدة من مزاولة أعمالها من دبي بميزة تنافسية كبيرة. وفي مايو 2001،  أكد سمو الشيخ أحمد بن سعيد آل مكتوم،  تعتزم دولة الإمارات شراء 60 هيكلاً جديداً للطائرات بقيمة 10 مليار دولار أمريكي. الشيخ راشد كحاكم لدبي ونائبا لرئيس دولة الإمارات ورئيسا لمجس الوزراء
 في الرابع من يناير من عام 2006،