وكذلك كان الأمرٌ بالنسبة لبعض المفكرين الذين انتقدوا الكنيسة وسيرة
 رجافاء فقد واجهوا الاضطهاد.  ومصادرة كتبهم» وسجنهم» ويضرب
  حيث ألف كتابا أسماه" التاريخ المدني لحكم نابولي"
 وطْرد "جيانون" من بلد إلى آخرء إلى أن أعتقل وسجن حتى توفي في قلعة توران» سنة 1748
 ومنهم''جوان كريستيان أيديلان".  وفي يوم من الأيام استرعت انتباهه في إنجيلٍ القديس "جان"” عبارة "إن الإله هو العقل"
 ثم نشر كتابه" ألوهية العقل" سنة 1741م‏ وقد استولي على كتبه» وأحرقت» وقضي بغرامةٍ على من يحاول أن يجعلها متداولة» وسُمح له بالعودة إلى برلين» بشرط ألا ينشر بعد ذلك شيئاً» وكان ذلك بالنسبة إليه» أشق أنواع الإهانة " .  ومن هؤلاء القس" يان هس" امهم با هرطقة» فهرب من مدينة "براج" .  فيه ما يدل على التعب والوجع من آثارٍ الولادة وحاربت"كولمبس"
 كان له دوافعه التي جعلت الكنيسة في هذه الحالة من الخوف والهلع تجاه
 العلماء والنظريات العلمية» ويمكنني ذكر بعض الأسباب التي دفعت
 مع ملاحظة أن الصراعٌ لم يكن بين الدينٍ والعلم بل بين الكنيسة والعلم .  ومن أهمها
 أولا: أن الكتابَ المقدسّ عندهم جاء بما يخالفٌ هذه النظريات»
 ويتعارض مع كثير من الكشوف العلمية» ومن ثم فهي متناقضةً مع معتقدهم الديني» فلا بد من ردهاء والحكم بكفر أصحابها . عبارته ( جيل يمضي وجيل يأتي» والأرض قائمة أبد الدهورء والشمس
  تعتقد الكنيسة أنها بموقفها هذاء تحقق جملة من المطالب العامة
 والخاصة» ومن ذلك المحافظة على قدسية الإنجيل» وحق إنفراد الرهبان
 ولماذا خافوا من وتكشف أباطيلهم» وتظهر تناقضاتهم» فكان هذا الصراع مع العلم
 سادسا : اعتقادٌ الكنيسة أن الحقّ والصواب إنما يكون في الكتاب المقدس دون سواه فهو المعصوم من الخطأء يقول الدكتور توفيق الطويل ‎،  لو كان جميع رجال الكنيسة مستنيرين» أو كانت تعاليمهم مسايرة للتفكير الناضج»
 لهان خطب تعصبهم الذميم بعض الهون» ولكنهم كانوا يمثلون دوراً من وبذلك أوقفوا تقدم المعرفة» وأوصدوا أبواب العلم» وحاولوا الحيلولة دون تقدمهٍ حتى النصف الأخير من القرن الغابر» وقد هيمنت الكنيسة على كل ميادين البحث العلمي» وفرضت عليها ما تراه حقاًء مستندة في ذلك
 إلى سلطة الكتاب المقدس المعصوم من كل خطأ» .  أن الكنيسة علمت أثر العلوم الإسلامية على أوروبا
 الحقيقة والعلم» وقد نقحته أيدِ عربية» ونظمتةٌ وعرضته بشكل مثالي» قد