وقد أوصلت هذه المكانة ابنه «محمد ابن ثاني» الذي كان قد ولد في الفويرط،  لكي يبرز إسمه في قيادة بعض القبائل القطرية التي ساعدت محمد بن خليفة في انتزاع السلطة في البحرين
 1842- 1843) وليبرز نفوذه ومكانته بين القبائل القطرية بشكل أكبر في أعقاب مقتل عيسى بن طريف.  وعندما زار الرحالة «بلجريف» قطر في يناير 1863 ذكر أنه التقى بمحمد بن ثاني «حاكم البدع الذي يعترف به الجميع رئيساً للمنطقة كلها وقد وصفه بأنه داهية،  ووصفه بأنه شخصية مندفعة أكثر من والده،  بأنها قرية شمال مدينة البدع،  ورئيسها يعترف بالنفوذ لمحمد بن ثاني. وقد عين آل خليفة ممثلاً لهم في قطر هو (أحمد بن محمد آل خليفة) الذي لم يكن مقبولا عند أهل قطر لشراسة طباعه وغلظته في تعامله معهم ،  ومما زاد منكره اهل قطر له اعتداء رجاله عام 1866 على قافلة للنعيم كانت في سوق الوكرة تتجهز لرحلة الغوص واستولوا على أمتعتها،  وكتب جاسم بن محمد آل ثاني رسالة إلى الشيخ محمد بن خليفة يشرح له فيها سوء تصرف عامله الهارب وعدم كفاءته في تصريف الأمور في قطر،  التي تولى قيادتها محمد بن ثاني وابنه جاسم.