من الآثارٍ التي أحدثها صراع الكنيسة مع العلم أنها تعيش حالة من الاضطراب قدياً وحديئاًء وههذا تتخبط كثيراً» وترتكب العديد من الحماقاتٍ نتيجة لذلك الخوف . ومما ارتكبته الكنيسة ‏ إنشاء محاكم التفتيش» وذلك لمطاردة المخالفين لماء وإذا كانت محاكمة الأحياء مقبولة . النظر عن تلك المحاكمة وصدق التهمة على الْحَاكم . إخراج الميت من قبره ومحاكمته» وهذا ما فعلته الكنيسة» فقد قام البابا بإدانته» وأمرٌ بقطع ثلاثة أصابع من يدو اليمنى» ثم رمي في النهر» وتم الثباب البابوية» وأعيدت محاكمته» ثم قطعت رأسه. بالحرمانٍ الذي كان ضده. كم لم يلتزم بألا يحتال على الوظائف أو المهام الكنيسة ‎١١‏ يذكر"ريبوني" أنه كان في خدمة الكنيسة جيش من الرجالٍ المخلصين لأهدافهاء كان يحق لهم تعذيب الرجال من سن الرابعة عشر والنساء من سن الثانية عشرء وقامت لمان محاكم التفتيش بإلغاء هذه سنوات» وهناك حالات لأطفالٍ تمت محاكمتهم في سن السابعة» وهذه المحاكم لا زالت صورتها موجودة حتى اليوم» فعندما كتب الأب باحترام حقوقٍ الإنسان"» فإن" لجنة عقيدة الإيمان" . وهو الاسم أدانت " ليونارد بوف"» واستدعتة للمحاكمة» وجلسّ على نفس الكرسي الذي جلسٌ عليه كل من "جاليليو" و"برونو"» ويقول عن نفسه بأنه انحنى تحية لذلك المقعدء وشكرٌ اللجنةً على الشرفٍ الذي منحتة له بالسماح له بالجلوس عليهء وكان القرار بعد المحاكمة أن يظلّ قسيساًء ولكن ليس له حق في الكتابة أو النشرء ولكون القس"ليوناردو بوف" له نشاطه في الأمرّ من روما بمغادرة البرازيل» وأن يختارٌ ديراً في الفلبين» أو في كورياء أو الكاثوليكية» ومحاكم التفتيشء لا تزال تعمل بنفس صرامة الماضي» وأما عدم تعرض " ليوناردو بوف" للتعذيبء فذلك يرجع إلى أن الكنيسة لم يعد ونظرية وبقيت الكنيسة ثم هي تعلن الآن أن هذه النظرية لم «نظرية التطور لا تنعارض مع تعاليم الكنيسة الكاثوليكية» ولاامع رسالة عن التطور في خطاب له بالمانياء وقال إنه بموجب النظريات المتأتية عن وكذلك أعلن الكردينال الكاثوليكي "كريستوف شوينبورن" . وهذا التذبذب من الكنيسةٍ تجاه النظرية» يأنٍ في وقت ظهرت فيه كشوفٌ أصول الجنس البشريء من اكتشاف أقدم هيكل عظمي لأصل الإنسان» وذلك سنة 194947م, وقفة آخيرة لابد منها . إن الحديث السابق عن الكنيسة وسوء فعالمهاء لا يعني أن العلماءَ ليسوا شركاء في هذه الجناية على الدين؛ أو أممم كانوا على صواب في كل ما يقولون؛