- المرحلة الأولى :معركة نهر الكلببعد انتهاء ولاية مراد باشا القبوجي لدمشق، حاول يوسف سيفا استرجاع بيروت، فتصدى لهفخر الدين وانتصر عليه عند ممر نهر الكلب وانتزع منه مقاطعتي كسروان والفتوح. ثم ما لبث أن أعادهما إليه بطلب من والي دمشق وتدخل الوسطاء من آل أرسلانالمرحلة الثانية- معركة جونيةلم يحترم يوسف سيفا تعهده للأمير فخر الدين بالهدنة فهاجم ديار أنصاره من آل حرفوش وأحرق مزارعهم. فما كان من الأمير فخر الدين إلا أن هاجم يوسف سيفا والتقاه في جونية وهزمه وانتزع منه بيروت وكسروان والفتوح،تكريمه وتقديم الهدايا الكثيرة له.التحالف مع علي باشا جانبولاد من يده إلى يوسف سيفا لتحقيق هدفه. عندئذ سارع فخر الدين إلى التحالف مع علي باشا جانبولاد والي حلب.بدأ الخلاف بين الفريقين ( يوسف سيفا وفخر الدين بوشايات تقدم بها يوسف سيفا ووالي دمشق ضد فخر الدين وعلي جانبولاد إلى الصدر الأعظم مراد باشا القبوجي. فلاحقه فخر الدين وعلي باشا جانبولاد ودخلا دمشق بالقوة، ما اضطر يوسف سيفا إلى الهرب إلى حصن الأكراد. وبعد محاصرته، اضطر إلى عقد الصلح مع علي باشا جانبولاد لقاء مبلغ من المال ولسوء حظ جانبولاد ،