يتشكل الهيكل التنظيمي لمؤسسة محمد الخامس للتضامن من الرئيس (الملك محمدالسادس)،  بالإضافة إلى توفرها على موارد بشرية وضعت رهن إشارتها من طرف أعضاء مجلسها الإداري وبعض شركائها،  ويتكون الطاقم المسير من رؤساء مشاريع مؤهلين للسهر على إعداد وتنفيذ أعمال أفقية وعمودية لمساعدة المعوزين،  ويضم كذلك أطرا مشرفة على التسيير الإداري والمالي وتدبير التواصل والنظم المعلوماتية،  ويعمل هذا الطاقم تحت إشراف مستمر لعضو من المجلس الإداري.