يمكن استخدام خلايا وقود الهيدروجين لتشغيل السفن مع توفير الطاقة لأنظمتها الداخلية أيضًا.  تعمل العديد من الشركات حاليًا على تطوير خلايا وقود الهيدروجين،  وعلى الرغم من تكلفتها العالية،  فإن وقود الهيدروجين يظهر إمكانات كبيرة كبديل.  فقد بدأت دول مثل النرويج واليابان في الاستثمار في أعمال الوقود الحيوي بهدف القضاء تمامًا على استخدام الوقود الحيوي بحلول عام 2050.