مدينة وليلي بعد دخول الإسلام بقيت المدينة مأهولة بسكانها الأمازيغ حتى دخول الإسلام أواخر القرن الثامن ميلادي على يد إدريس الأول، مؤسس الدولة الإدريسية بالمغرب، والذي تزوّج بنت أحد حكام المدينة "كنزة الأوروبية" لم يدم حكمه طويلاً بعد تعرّضه للقتل مسموماً. فقدت المدينة مركزها الإداري في المنطقة بعدما أسس إدريس الثاني مدينة فاس، التي تبعد عن وليلي قرابة 88 كلم. تعرّضت المدينة للعديد من أعمال التخريب والسرقة على مدار قرون؛ لكن خلال القرن الـ19 ضرب زلزال المنطقة ودمر أغلب المباني فيها.