ال marker هي بروتينات ذات اطوال معروفه مسبقا يتم وضعها في الحفره الأولى في جل الكتروفوريزا الهدف منها هي مقارنه اطوال البروتينات بعد فصلها في الجل يتم تعريضها لماده جلاوموفينول بلو كما يتم تعريض البروتينات التي نريد فصلها بالجل وهذه الماده تعطي العينات اللون الأزرق فمن اجل تمييز البروتينات في الجل يتم تعريضها لماده الجروموفينول بلو وهذا سبب لونها الأزرق
 قمن بوضع 9 عينات في الحفره الأولى ولكن ظهر لدينا 10 خط في الجل للبروتينات ذات اطوال معروفه وذالك لأننا لم نقم بوضعها بدقه عاليه وبانتباه شديد داخل الحفره مما تسبب في تبعثرها داخل الجل الأمر الذي أدى الى ظهور هذه الخطوط.