يكمن الهدف من انشاء وتشكيل الجهاز في حماية الأموال العامة للدولة والأموال الخاصة والتي تديرها أو تشرف عليها أي من الوحدات الخاضعة لرقابة الجهاز فيقع على عاتق هذا الجهاز التحقق من تطبيق القوانين واللوائح والنظم والقرارات فيما يتعلق باختصاصاته،  والحرص على عدم وقوع تضارب فيما بين المصالح والمخالفات المالية والإدارية وكذلك بيان أوجه النقص أو القصور في القوانين واللوائح والأنظمة المالية والإدارية المعمول بها مع واقتراح وسائل علاجها.  بالإضافة الى تقييم أداء الجهات الخاضعة لرقابة الجهاز والتحقق من استخدام الموارد بطريقة اقتصادية وبكفاءة وفاعلية مع كشف أسباب القصور في الأداء والإنتاج وتحديد المسؤولية.  كما يختص الجهاز بإجراءات الرقابة المالية والإدارية في كافة المجالات ومنها: الرقابة على القرارات الصادرة في شأن المخالفات المالية والرقابة على الاستثمارات وكافة حسابات الجهات الخاضعة لرقابة الجهاز.  وبلغ عدد الجهات المشمولة برقابته ٥٩٨ جهة رئيسية وفرعية.  عند فحص الجهاز للجهات الخاضعة لرقابته فانه يمكن ان يخرج بملاحظات والتي قد تكون تحسينية وتصويبية يتم مناقشتها مع المختصين وتوضيح وجهة الملاحظة في التقارير وأثرها المالي،  وقد يكشف الجهاز مخالفة او انتهاك مالي أو إداري فيقوم بإعمال اختصاصه حيث يطلب من الجهة التي وقعت بها المخالفة القيام بالتحقيق اللازم مع الموظف المسؤول عنها،  واتخاذ الإجراءات التحفظية مع التزامها بإجراء التحقيق المطلوب.  أما إذا كانت المخالفة المكتشفة تمثل شبهه جنائية فسيكمل الجهاز إجراءاته الرقابية والإدارية ومن ثم يحيل تلك المخالفات إلى الادعاء العام،  بالنسبة لأدوات العمل الرقابي تتمثل في ثلاث وهي أولاً: القوانين كقانون الرقابة المالية والإدارية للدولة،  وثالثاً: ادلة العمل الرقابي واجراءاته المعتمدة التي يطبقها الجهاز باتباع متطلبات نظام إدارة الجودة الايزو ٢٠١٥/٩٠٠١.  ثم تمر بمرحلة اصدار التقارير التي ترفع الى الجهات المختصة.  وهي على ثلاثة أنواع الأول بنتائج الفحص(هي التقارير التي يبلغها الجهاز الى الجهات الخاضعة لرقابته بعد انتهاء مهام الفحص ومناقشة الملاحظات مع تلك الجهات)،  والثاني سنوي( أهم وثيقة يصدرها الجهاز بشكل سنوي تتضمن نتاج أعماله على مختلف الجهات المشمولة ويرفع الى جلالة السلطان ومنه نسخه الى مجلس الوزراء والدولة والشورى) والأخير خاص(يرفع الى السلطان يشمل الموضوعات ذات الأهمية،  والتي لم تستجب الجهات الخاضعة لرقابة الجهاز الى تنفيذها والصعوبات التي يواجها الجهاز).  فيتابع الجهاز اتخاذ الإجراءات الأنسب لكل حالة.