يرتبط تلوث الماء بحدوث مشاكل صحية لدى الإنسان بشكلٍ كبير، وذلك لأن الماء يُعد ناقلًا للكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض إلى الإنسان، حيث تتسبب الأمطار الغزيرة والفيضانات المرتبطة بصعوبة الطقس بأمراضٍ مختلفة في كلٍ من الدول المتطورة والنامية، حيث يعتمد 10% من سكان العالم على الغذاء والخضراوات المروي بماءٍ ملوث، ومن الأمثلة على المشاكل الصحية الذي يسببها تلوث الماء: أمراض الجهاز التنفسي، وأمراض القلب والأوعية الدموية، ويزيد معدل الموت بالسرطان في الريف عنه في المناطق الحضرية؛ لأن سكان الريف يستخدمون المياه غير المعالجة للشرب وغيره من الخدمات، كما يشكل تلوث الماء بالمواد الكيميائية خطرًا على النساء الحوامل؛ لأنه يؤدي إلى انخفاض وزن الجنين مما يؤثر على صحته عند الولادة، أما تلوث الماء بالمعادن فيؤدي إلى تساقط الشعر وتليف الكبد والفشل الكلوي.