على الرغم من التكامل بين الرقابة والتدقيق، إلا أنهما يختلفان في أهدافهما وطبيعتهما. الرقابة تركز على الوقاية من الأخطاء والانحرافات، والتدقيق يركز على الكشف عنها وتقييم أثرها. الإشكالية الرئيسية تكمن في فهم العلاقة بينهما، وكيفية التنسيق بينهما لتحقيق أقصى استفادة. فالتدقيق بدون رقابة فعالة قد لا يكشف عن المخالفات في الوقت المناسب، والرقابة بدون تدقيق مستقل قد لا تضمن دقة المعلومات المقدمة.