المرحلة الثانية: بدايات ظهور القضاء العسكري
 أكد القانون الأساسي صراحة على أن تنشأ المحاكم العسكرية بقوانين خاصة،  وأنه ليس لهذه المحاكم أيُّ اختصاص أو ولاية خارج نطاق الشأن العسكري.  لكن المجلس التشريعي الفلسطيني تأخر في مناقشة مشاريع القوانين العسكرية،  وبالتالي،  في ظل غياب محكمة أمن الدولة العليا وغياب منظومة قوانين عسكرية صادرة عن المجلس التشريعي،  بدأ القضاء العسكري يظهر فعليا على الأرض مرتكزاً على قانون العقوبات وقانون أصول المحاكمات الجزائية الثوريين الصادرين عن منظمة التحرير الفلسطينية في عام 1979.