تواجه الروحانية المؤسسية عدة تحديات رئيسية:
 1. **المفاهيم الخاطئة**: يُخلط بين الروحانية والدين،  من الضروري توضيح أن الروحانية ليست مرتبطة بمعتقدات دينية معينة. 2. **صعوبة القياس**: قياس تأثير الروحانية على الأداء يمثل تحديًا،  مما يستدعي تطوير أدوات فعالة لقياس هذا التأثير بشكل موضوعي. 4. **التوازن بين الربحية والقيم**: تواجه الشركات صعوبة في التوفيق بين تحقيق الأرباح وتبني القيم الروحية،