يتجاوز العلوم الدنيوية التقليدية ويشمل الأبعاد الروحية والإلهية. كان علم الخضر مرتبطًا بمفهوم الحكمة الإلهية والقدرة الخاصة التي يتمتع بها الأنبياء والأولياء.  كما هو مبين في القصة عندما قام بأفعال غريبة ومبهمة لموسى عليه السلام التي لم يكن قادرًا على فهمها بدقة.