ينجم عن انتشار السكن العشوائي مجموعة من الآثار السلبية التي تؤثر على مختلف جوانب الحياة العمرانية، الاجتماعية، البيئية، والصحية. 

يعاني سكان المناطق العشوائية من صعوبة التكيف مع الحياة الحضرية، مما يؤدي إلى تكوين تجمعات معزولة للحفاظ على الهوية الثقافية، وتنخفض مستوياتهم التعليمية بسبب الظروف الاقتصادية السيئة التي تدفع الأسر للتضحية بتعليم أبنائها من أجل العمل. 

يُلاحظ انتشار السلوكيات المنحرفة والجريمة نتيجة الاكتظاظ وانعدام الخصوصية، كما تُلاحظ تحول الأسر من ممتدة إلى نووية، مما يقلل من الدعم الاجتماعي والوظائف التي تقدمها الأسرة الممتدة. 

من ناحية أخرى، تنتشر الأمراض والأوبئة بسبب ضعف البنية التحتية الصحية وغياب قنوات الصرف الصحي، وتزداد التلوث نتيجة عدم وجود إدارة مناسبة للنفايات، وتداخل شبكات المياه مع الصرف الصحي. 

تُشوه المظهر العمراني بسبب عدم اكتمال البناء وغياب التنظيم العمراني، كما ينتشر البطالة نتيجة نقص المهارات والتوجه إلى أعمال غير مرخصة بأجور متدنية وبدون تأمينات. 

يُلاحظ تراجع المساحات الزراعية حول المدن بسبب البناء غير القانوني على الأراضي الزراعية، مما يؤثر على توفير المساحات الخضراء ويضر بالاقتصاد المحلي. 

يؤدي كل ذلك إلى خلق بيئة غير صحية ومعقدة اجتماعياً واقتصادياً، ما يزيد من تحديات التنمية المستدامة في المدن.