كان الاحتلال الاسرائيلي وقبل العام 1967 مستعداً لبناء جهاز قضائي عسكري في المناطق المحتلة،  وكانت الخطة التفصيلية لبناء هذا الجهاز حاضرة منذ العام 1963،  وعملياً قام المدعي العسكري العام بدخول الاراضي المحتلة مباشرة مع جيش الاحتلال،  وكان برفقة كل وحدة عسكرية مستشار قانوني وقاضيين عسكريين ونائبين عسكريين وطاقم إداري[1].  وقام القائد العسكري مباشرة في 7-6-1967 بإصدار 3 إعلانات عسكرية،  الاول يتعلق بسيطرة القائد العسكري على المناطق المحتلة من ناحية الادارة والامن والنظام العام،  والاعلان العسكري الذي يرتب أمر اقامة جهاز قضائي عسكري مباشرة بعد الاحتلال،  المنشور رقم 3 المتعلق بسريان الأمر بشأن تعليمات الأمن (منطقة الضفة الغربية) (رقم 3) 1967.  وهذا الأمر الذي ارفق للاعلان رتب الاجراءات القانونية امام المحاكم العسكرية،  وعرف الجرائم والعقوبات التي يجب ان تُلقى على المخالفين للأمر. ومن الجدير ذكره أنه ومع بداية الاحتلال اعترفت سلطات الاحتلال الاسرائيلي بانطباق اتفاقية جنيف الرابعة المتعلقة بحماية المدنيين وقت الحرب على الارض المحتلة،  وكان هذا بموجب الأمر المذكور اعلاه ولكنها سرعان ما تراجعت عن هذا،  وبدأت بإصدار تشريعات عسكرية هي "الأوامر العسكرية" التي طالت كافة جوانب الحياة في الارض المحتلة،  ولم تقتصر فقط على الامور المتعلقة بالوفاء بالتزامات دولة الاحتلال بموجب القانون الدولي،  ولكنها تطرقت للعديد من المواضيع التي لها علاقة بالحياة المدنية وبطريقة تكفل مصالح الاحتلال وكأن هذا الاحتلال دائم للأبد،  كالأوامر المتعلقة بملكية الأرض وبناء المنازل،  الأوامر المتعلقة بالصحة والتعليم وغيرها،  وأصدرت قوات الاحتلال ما يزيد عن 1700 أمراً عسكرياً خلال سنوات الاحتلال. عمليا تم تعديل الأمر بشأن تعليمات الأمن بتعديل رقم 9 بموجب الأمر 144،  وتم الغاء انطباق اتفاقيات جنيف،  وبدأ الأمر حيز النفاذ يوم 22 تشرين أول 1967.  ومن ثم تم انشاء محاكم عسكرية في المدن الفلسطينية المحتلة: رام الله،  والتي الغيت سريعاً في 28 حزيران 1967 بعد إعلان دولة الإحتلال عن ضم القدس.  في البداية اقتصرت المحاكم على الدرجة الأولى،  ولم يكن هناك درجة استئناف حتى سنة 1989،  حين أعلن القائد العسكري عن اقامة محكمة عسكرية للاستئنافات. لاحقاً وبعد توقيع اتفاقية أوسلو وتقسيم الارض المحتلة لمناطق أ ب ج،  قامت قوات الاحتلال بإعادة توزيع لمواقع المحاكم العسكرية وتم نقل محكمة رام الله الى معسكر قرب مستوطنة بيت ايل،  أما محكمة الخليل فنقلت الى معسكر المجنونة قرب الظاهرية،  ومحكمة نابلس نقلت الى معسكر دوتان بالقرب من مفرق يعبد،  كما وتم نقل المحكمة العسكرية الخاصة بمنطقة غزة الى منطقة حاجز ايريز،  ولاحقاً بعد الانسحاب الاحادي من القطاع قامت قوات الاحتلال بإغلاق هذه المحكمة،  واصبحت تُحضر المعتقلين الفلسطينيين من القطاع امام محاكمها المدنية خاصة في مدينة بئر السبع. في العام 1970 قام القائد العسكري باستبدال الأمر الذي كان ملحقاً للاعلان العسكري رقم 3 والمتعلق بالمحاكم العسكرية،  بالأمر "الأمر بشأن تعليمات الامن" " يهودا والسأمرة" رقم 378،  واصبح هذا الأمر الرئيس الذي رتب الاجراءات امام جهاز القضاء العسكري،  وعدل هذا الأمر من القائد العسكري عشرات المرات،  وحالياً أصدر المستشار القانوني العسكري للمنطقة أمراً جديداً "الأمر بشأن تعليمات الامن" (صياغة مدمجة)(يهودا والسأمرة) رقم 1651، ضم هذا الأمر كافة التعديلات التي ادرجت على الأمر رقم 378،  وايضاً 19 أمراً أخر له علاقة بموضوع الجهاز القضائي العسكري،  كالأمر العسكري الخاص بمحاكمة القاصرين رقم 132،  والأمر بشأن معايير المسؤولية الجنائية رقم 225.  يبدأ سريان هذا الأمر من يوم 2 أيار 2010.