ولد هالي في منزل عائلته في ميدويست، وايومنغ. انتقلت عائلته إلى بيركلي، كاليفورنيا، عندما كان عمره أربع سنوات. وبعد خدمته في القوات الجوية لجيش الولايات المتحدة خلال الحرب العالمية الثانية، ارتاد جامعة كاليفورنيا، لوس أنجلوس حيث حصل على درجة البكالوريوس في الفنون المسرحية. وخلال سنوات دراسته الجامعية، نشر هالي قصة قصيرة في النيويوركر. وبعد قضاء عام في السعي للعمل كمؤلف مسرحي، عاد إلى كاليفورنيا وحصل على درجة البكالوريوس في علم المكتبات من جامعة كاليفورنيا في بيركلي، ثم على درجة الماجستير في الاتصال من جامعة ستانفورد. وتزوج لأول مرة في عام 1950، ولديه من زوجته إليزابيث ثلاثة أطفال، هم كاثلين، وغريغوري، وأندرو. أثناء وجوده في ستانفورد، التقى هالي بعالم الأنثروبولوجيا جريجوري بيتسون الذي دعاه للانضمام إلى مشروع بحث الاتصالات الذي أصبح يعرف فيما بعد باسم مشروع بيتسون، وكان هذا التعاون أحد العوامل الدافعة لإنشاء العلاج العائلي، والذي نشر أهم بحث في تاريخ العلاج العائلي، «نحو نظرية الفصام». وكان الأعضاء المركزيون في هذا المشروع هم جريجوري بيتسون، ودونالد دي أفيلا جاكسون، وجاي هالي، وجون ويكلاند، وبيل فراي. بالإضافة إلى مشاركته الشخصية في ولادة وتطور العلاج العائلي، كان هالي باحثًا مراقبًا في العلاج النفسي في الخمسينيات وأوائل الستينيات من القرن العشرين. رتب مشروع بيتسون لجاي وجون ويكلاند مراقبة وتسجيل عمل الأطباء السريريين مثل ميلتون إريكسون، وجوزيف ولبي، ووجون روزن، ودون جاكسون، وتشارلز فولوايلر، وفريدا فروم ريخمان وغيرهم. في عام 1962، أثناء عمل جاي في معهد البحوث العقلية في بالو ألتو، أصبح هالي المحرر المؤسس لمجلة العلاج العائلي فاميلي بروسس (بمساعدة زوجته الأولى، إليزابيث هالي، وكانت صحفية خبيرة). وأثناء وجوده في المعهد، تابع جاي العلاقة المهنية مع ميلتون إريكسون التي تأسست في السنوات الأولى من مشروع بيتسون. وساعد جاي في تقديم إريكسون للعامة في مجال الطب السريري عبر كتب مهمة مثل العلاج غير الشائع. وعمل هالي عن كثب مع سلفادور مينوتشين، الذي طور العلاج الأسري البنيوي.