وعندما قدم الأب يوسف مانفريدي إلى مادبا في أواخر عام 1891 اهتم في إنجاز كنيسة تليق بالرعية،  وهكذا توقفت أعمال البناء الى عام 1909 حيث نشط البناء من جديد مع تعيين الأب البولندي حنا بنفيل كاهناً للرعية. وكان التوجه لدى مانفريدي أن يسميها كنيسة قلب يسوع الاقدس لكن بعد وفاته واكتشاف موقع قطع رأس يوحنا المعمدان في قلعة مكاور استقر الرأي بتسميتها باسم كنيسة قطع رأس يوحنا المعمدان.  لذا شارك العشرات من أبناء مادبا في عملية جلب الحجارة من فلسطين على ظهور الدواب وخاصة حجارة الشبابيك والأبواب والأقواس والأعمدة. ومع نهاية عام 1913 شارفت أعمال البناء على الانتهاء ما عدا الجرسية وتركيب الشبابيك والأبواب وبلاط الارضية وكحلة الحجر،  لكن الأب حنا بنفيل لم يشأ أن يفوت ليلة الميلاد بدون تدشين الكنيسة والشروع بالصلاة فيها،