درك الإمام أن طرد البرتغاليين من الحصون الساحلية يستحيل دون تأمين جبهة داخلية موحدة، فوضع خطة عسكرية متدرجة بدأها من الرستاق لتفكيك مراكز القوة المحلية.

· قلعة الرستاق: هاجم الإمام القلعة ليلاً واستولى عليها من أبناء عمومته. ·

نخل (الأولى): حاصر عمه سلطان بن أبي العرب عدة أيام حتى استسلم وسقط الحصن، ثم تعرض الإمام لهجوم مضاد من فرقة متمردة داخل نخل، فجاءه مدد اليحمد وفك الحصار. ·

نزوى وإزكي: دخل نزوى بسلام وتعامل مع مؤامرة بني أمبوسعيد بنفيهم، ثم فتح إزكي ونقل العاصمة إلى نزوى لترسيخ البعد الديني والشرعي للدولة. ·

منح – سمد الشأن – إبراء والشرقية: افتتح منح بمساندة أهلها، وأرسل الشيخ مسعود بن رمضان لفتح سمد الشأن، ثم زحف بنفسه إلى إبراء وافتتحها عنوة ودانت له سائر بلاد الشرقية. ·

الظاهرة (فدى، ضنك، الغبي، عبري، بات، ينقل): فتح وادي فدى وضنك بمساعدة الشيخ خميس بن رويشد الضنكي، ثم دارت معركة الغبي التي استشهد فيها أخوه جاعد بن مرشد، وافتتح بعدها عبري وحصن بات، وأخضع ينقل صلحًا. ·

بهلاء وبلاد سيت: حاصر بهلاء شهرين إلا ثلاثة أيام حتى استسلم سيف بن محمد الهنائي، ثم هدم حصن بلاد سيت بعد فرار الهنائي ثم عفا عنه بعد مجيئه تائبًا، وفرض حظرًا على بني هناة من تشييد الحصون وحمل السلاح، وأمر بتدمير قلاعهم وأبراجهم. ·

وادي السحتن وبني لمك: أرسل الإمام الفقيه محمد بن علي بن مسعود العبري لإصلاح ذات البين بين بني لمك وقبيلة العبري، فقتل بنو لمك المبعوث، فأرسل الإمام قوة بقيادة واليه محمد بن سيف الحوقاني هدمت حصونهم في وادي السحتن وحصن الأبرق. ·

سمائل، مقنيات، الصخيري، لوى، الجو: صالح مانع بن سنان العميري في سمائل وجدد بناء حصنها، وحاصر مقنيات ثلاثة أشهر حتى افتتحها، كما خاض وقائع الصخيري والغابة والمطهرة ودحر المتمردين، وافتتح الجو (البريمي) ثم حاصر لوى ستة أشهر حتى استسلم سيف بن جفير. ·

حصار ناصر بن قطن الهلالي: في ثلاثينيات القرن السابع عشر شن بنو هلال غارات على القوافل والمزارع، فلجأ الإمام إلى دفع أموال وفدية للشيخ ناصر بن قطن لضمان التهدئة وتأمين مسارات التجارة الشمالية، بعد أن أعيت الحملات العسكرية المباشرة.