في عام 1965، بقي حوالي 25,000 يهودي في الجزائر، وبالرغم من محاولات جبهة التحرير لطمأنتهم، كان الخوف من الانتقام من الشعب الجزائري حاضراً. في هذا الوقت، بدأت إسرائيل والوكالة اليهودية بالتدخل، واستغلال رغبة اليهود في الهجرة من الجزائر، ووجهتهم إلى إسرائيل بدلاً من فرنسا. بدأت الدعاية الصهيونية تشجع على الهجرة إلى إسرائيل، مدعية صعوبة العيش في الجزائر. 

ومع ذلك، رفضت غالبية يهود الجزائر الانتقال إلى إسرائيل وفضلوا البقاء في فرنسا. ظروف الحياة في إسرائيل لم تكن مشجعة، ولم يكن سوى عدد قليل من الشباب اليهود مقتنعون بمبدأ العيش في إسرائيل وهاجروا إليها. بعض الباحثين يعتقدون أن يهود المدن الساحلية الجزائرية، الذين لم يكونوا مهتمين بالصهيونية، فضلوا الإقامة في فرنسا بدلاً من بدء حياة جديدة في إسرائيل، حيث واجهوا مشاكل في اللغة والبحث عن فرص عمل. 

أما بالنسبة لليهود الذين قدموا من مناطق الريف الجزائرية، فقد وافقوا على الهجرة إلى إسرائيل. عانى اليهود الذين هاجروا إلى إسرائيل في مخيمات المهاجرين التي أقيمت في الجزائر العاصمة ومرسيليا، حيث عاشوا في ظروف سيئة، ومات 12 طفلاً مهاجراً بسبب هذه الظروف. 

بعد انتهاء موجات الهجرة الفرنسية، لم يبق في الجزائر سوى بضعة آلاف من اليهود الجزائريين، معظمهم يحملون الجنسية الفرنسية. انخفض هذا العدد بشكل كبير، خاصة بعد العمليات المسلحة التي نفذتها الجماعات الدينية الجزائرية ضد الرعايا الأجانب.  في الوقت الحاضر، لا توجد إحصاءات دقيقة متاحة حول عدد اليهود في الجزائر اليوم، ولكن يمكن القول إنه لا يوجد فائض. 

استقر يهود الجزائر في جنوب فرنسا وشكلوا مجتمعات جديدة. أما بالنسبة لليهود الذين هاجروا إلى إسرائيل، فقد اختفوا في مجتمعات شمال إفريقيا، وخاصة المغربية منها. لم يتمكنوا من تشكيل طائفة خاصة بهم. 

يذكر بعض اليهود الجزائريين الذين يعيشون الآن في إسرائيل أنهم يعيشون دون تنظيم أو مصلحة في دولة إسرائيل. بعضهم يعيش في وضع اقتصادي جيد ويشغلون مناصب سياسية وحزبية مهمة. 

أنشأت فرنسا معرضا خاصا لعرض تاريخ يهود الجزائر، واستخدمت العديد من القطع من الجزائر لعرضها في هذا المتحف. زار الكاهن حاييم كورسيا الجزائر لأول مرة مؤخرا واعتبر هذه الزيارة بداية عودة كل اليهود الذين عاشوا في الجزائر لزيارة قبور أجدادهم.