احتل محمد على باشا والى مصر عام ١٣٣٦ منطقة وادى النيل فى السودان الشمالى وبقى حكم هذا الجزء لأسرته من بعده ،  وفى عام ١٣٨٧ عين اسماعيل بن ابراهيم بن محمد على ضابطا انجليزيه يهوديا هو صموئيل بيكر،   على السودان وأعطاه رتبة فريق وعهداليه بفتح جنوبى السودان بما فى ذلك ما يسمى اليوم اوغندا فعمل بيكر المصلحة بنى جنسه وأهل عقيدته ولما انتهت مدة عقده اختار اسماعيل ضابطا انجليزى اخر هو غوردن،   وقد جاء هذا ايضا الى المنطقة لخدمة المصالح البريطانية ، وعمل فى اوغندا للوقوف فى وجه الإسلام،   وبذل جهده الاعتناق الوثنيين النصرانية وعندما انتهى عقده كافاه اسماعيل فعينه حاكما عاما للسودان فعمل على بث الفوضى ،  وإثارة الاضطرابات والإساءة إلى زعماء القبائل فى المنطقة كى يشعر أهل البلاد بفساد الحكم المصرى .  ويطلبوا الانضواء تحت ظل السيطرة الإنجليزية كما أخذ يقرف بين المصريين السودانيين وبين شمالى السودان الجنوبيه وهذا ما حرك مشاعر السكان ،  وقامت الثورة المهدية عام ١٢٩٩ ونجحت فى السيطرة على المنطقة