يميز التحليل الوظيفي طابعه التجريبي وتركيزه على التحليل الكلي للتنظيم وصياغة مفاهيم دقيقة، مستخدماً دراسة الحالة الواحدة وأدوات كالخرائط التنظيمية والملاحظة المباشرة لإثراء النظرية التنظيمية.  لكن رغم إسهاماته، واجه انتقادات لتركيزه على التغيرات الداخلية للتنظيم دون دراسة تأثيراته من بيئته الخارجية.  أدى هذا إلى غموض في تبيان وظائف الظواهر الاجتماعية ودورها، وصعوبة في تمييز السلوك الرسمي وغير الرسمي داخل التنظيمات، خاصةً مع التناقض بين النشاط المنظم والعفوية في العلاقات بين أعضائها.