حصل خلاف بينه وبين الوزير شاور بن مجير السعدي الذي سارع بطلب العون والمساعدة من نور الدين الزنكي الموجود في دمشق فلبى الطلب وأرسل له جيشًا بقيادة أسد الدين شيركوه استطاع السيطرة على الدولة الفاطمية عام 559 هجري وتسليمها لشاور الذي انقلب على نور الدين الزنكي فأعاد إرسال أسد الدين شيركوه ثانية ليُسيطر على مصر ويُعيّن صلاح الدين الأيوبي أحد القادة المشاركين بالحملة وزيرًا لآخر الخلفاء الفاطميين الناصر لدين الله
 تمكن صلاح الدين الأيوبي من الاستئثار بمزيدٍ من السلطات وإضعاف مكانة الفاطميين حتى ألغاها تمامًا.  وكان حينها الخليفة الفاطمي العاضد مريض يشرف على الموت،  فاخفي عليه صلاح الدين أنه أطاح بدولته وقال "دعوه يموت في سلام ".  كان علي صلاح الدين أن يتصدي أولاً للفتن الداخلية التي كانت تحاك ضد دولته الوليدة،  ولكن صلاح الدين علم بمؤامرتهم فبعث بمدد للحامية العسكرية في الإسكندرية ليصد الهجوم الصليبي، أخذ صلاح الدين علي عاتقه تحويل مصر إلي المذهب السني،  إزاحة المذهب الشيعي و إحلال المذهب السني مكانه،  وأتلف وحرق الكتب الشيعية،  واستمر هذا المنع مائة عام حتي أعاد الظاهر بيبرس فتح جامع الأزهر سنة عام 1266 م.