L'étude des bactéries a débuté au XIXe siècle grâce aux travaux de Louis Pasteur et Robert Koch. On ne savait pas initialement à quel règne animal ou végétal elles appartenaient. En 1866, Haeckel a proposé de créer un nouveau règne, celui des Protistes, pour classer les organismes unicellulaires, dont les bactéries.