نستطيع أن نقول أن بداية ظهور الطوائف في مصر كانت في العصر الحديث،  حيث أن الكنيسة القبطية الأرثوذكسية طوال تاريخها،  قامت الإمبراطورية الرومانية بندب بطريرك يُسَمَّى "البطريرك المالكي او الملكانى".  فكان للإسكندرية بطريرك للأقباط الأرثوذكس،  وبطريرك آخر مُنتدب من الملك لفرض الإيمان الخلقيدوني بالقوة على الكنيسة القبطية.