اشتد ضغط الكنيسه الكاثوليكيه على المسيحيين،وبالغت في فرض ارائها عليهم مبالغه سلكت سبيل العنف فجعلت كل راي في العلوم الكونيه يخالف رايها كفرا، وتحرق او تعذب من تراه كافرا بلا رفق ولا هواده.   فهذا المجمع الثاني عشر من مجامع الكنيسه وهو المجمع الاتيراني الرابع المنعقد سنه 1251 يقرر استئصال الهراطقه وهو من يرى رايا مخالفا للكنيسه،ولم تكتفي الكنيسه بقتل من يجهرون باراء تخالف ارائها،بل اخذت تنقب على خبايا القلوب والنفوس وتكشف سرائر الناس بما اسماه التاريخ محاكم التفتيش وسفكت الدماء وعذبت الاحياء؛وإن جهر رجل من الرجال الدين بالدعوه الى الاصلاح بالرفق كان عقابه الحرمان والقتل؛ وفي اوائل القرن الخامس عشر ان احس اساقفه فرنسا بوجود اصلاح البابوات فنعقد لذلك مجمع مؤلف من 150 سقفا و 1800 من رجال الدين وانتهى في قراراته بالأمر بإحراق يوحنا هوس مصلح كنيسة بوهيميا ورفيقه جيروم،وعلماء استشهدوا في سبيل العلم بسبب مظالم تلك الكنيسة وضيق صدر القائمين عليها؛ واحد العلماء اسمه ابيلارد خالف راي الكنيسه فقال ليست حياه المسيح وصلبه وما لاقى في ذلك من تعذيب سبيلا لإرضاء الله وانزال عفوه عن خطيئة الإنسان فعفو الله ايسر من ذلك واقرب، حتى انعقد مجلس لمحاكمته فكان نصيب كتبه الحرق ونصيبه السجن الدائم حتى وفاته.   وجاليلو يرى رأيًا في الكون فيسجن لذلك الراي مع انه ليس من امور الدين.