Le "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology" (1923) a initialement servi à identifier les bactéries.  En 1984,  "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" proposait un catalogue phénotypique des procaryotes.  La seconde édition (2001-2003), en 5 volumes, marque un tournant majeur.  Elle intègre une approche phylogénétique basée sur les analyses moléculaires, enrichit les données écologiques pour chaque taxon et classe les pathogènes selon leur phylogénie, non plus par regroupement.  La coloration de Gram, bien que phénétique, reste pertinente dans cette classification phylogénétique.