هدم البروتين هو تفكك البروتينات إلى أحماض أمينية ومركبات مشتقة بسيطة بواسطة إنزيمات. تفكيك البروتينات يساعد على نقلها إلى داخل الخلية ومن ثم إعادة تركيبها لبروتينات جديدة مناسبة لجسم الإنسان. هدم البروتينات هي عملية هضم أساسية، تليها تخليق بروتينات جسمية لأعضاء الجسم وهرمونات وإنزيمات.