يُعد الفوسفات من الموارد الاقتصادية المهمة، ويُستخدم في صناعة الأسمدة وغيرها من الصناعات. اكتُشف عام 1897 في جبل قرن بالصعيد، ثم في وادي حمامات شرق قنا، وفي هضبة أبو طرطور بين الواحات الداخلة والخارجة.  تنقسم مناطق استخراجه لثلاث:  أولاً، منطقة البحر الأحمر (بين سفاجا والقصير)،  اكتُشف فيها أم الحويطات عام 1909،  وتحتوي على أحواض  (ناصر، محسن، رباح، والحمر) بسمك طبقة فوسفات من 0.6 إلى 1.5 م،  واحتياطي  200-250 مليون طن،  صعب التعدين لكن سهل النقل. ثانياً، منطقة وادي النيل (كوم امبو حتى قنا، ممتدة حتى جبل أبو حاد)،  بثلاث طبقات فوسفات بسمك 0.8 م (17-18% أكسيد فسفور)، وطبقة وسطى (0.5-1.5 م)، وعليا (0.1-0.4 م)،  مع وجود فوسفات قديم في المحاميد.  ثالثاً، منطقة الواحات الداخلة والخارجة (200 كم شرقاً-غرباً، 160 كم شمالاً-جنوباً)،  تحتوي الداخلة على 5-6 طبقات (3 ذات سمك معقول)، والخارجة  تتركز أهميتها في الطبقة السفلى (0.8-1.9 م، 16-23% أكسيد فسفور)،  ويصعب نقلها.