بل وتطورها مرهون بنجاحها على التكيف والمرونة في التعامل مع المتغيرات العالمية وقدراتها على التطوير الدائم والمنافسة الجادة،  من تحديات ومشكلات تتنوع مصادرها،  وتُلقي هذه المشكلات بظلالها السلبية على مخرجات هذا النظام، وتأسيسا على ما سبق تُعدّ إدارة المعاهد الأزهرية من أهم الإدارات التعليمية التي تتطلب عمليات تغيير وتطوير عاجلة،  لا سيما في ضوء نتائج الدراسات التي كشفت عن وجود العديد من المشكلات الإدارية والتعليمية في هذه المؤسسات منها:
  والاعتماد على فرق العمل في إنجاز المهام والمسؤوليات. 2. وجود قصور في الممارسات الإدارية الحديثة ويرجع ذلك إلى أن شيوخ المعاهد يميلون إلى الأسلوب الأوتوقراطي في الإدارة. 3. غياب ثقافة العمل الجماعي أو العمل بروح الفريق، 4. مقاومة بعض القيادات والمعلمين بالمعاهد الأزهرية للتغيير،  نتيجة فقدان بعض المزايا والسلطات التي يعطيها لهم التنظيم الإداري الحالي من جهة، 5. شيوخ المعاهد لا يعيرون اهتماما للمجالس التي تشكل داخل المعاهد.  وأن كثيرا منهم لا يرأسون اجتماعات هذه المجالس مما أدى إلى ضعف الشراكة في مجال إدارة المعاهد الأزهرية.  وقلة معرفة أولياء الأمور بما يدور داخل المعاهد الأزهرية وذلك لعدم وضوح أهداف تلك المجالس وقلة اهتمام كل من الآباء والمعلمين بالشراكة في تلك المجالس. 6. قلة تكافؤ السلطات الممنوحة لإدارة المعاهد الأزهرية مع حجم المسئوليات الملقاة على عاتقها،  فإدارة المعاهد الأزهرية ما هي إلا أدوات لتنفيذ القرارات واللوائح الصادرة من قطاع المعاهد الأزهرية دون منحها الحرية للكافية للتصرف في المواقف الطارئة مما يحد من فعالية الممارسات الإدارية لإدارة المعاهد الأزهرية. 7. قلة تفويض شيوخ المعاهد للمعلمين للأداء ببعض الأعمال بما يخدم العملية التعليمية. 8. ندرة تنمية شيوخ المعاهد للمهارات القيادية لدى المعلمين أو التأكيد على جوانب القوة ومعالجة نقاط الضعف لديهم. 9. غياب الدعم المقدم من إدارة المعاهد الأزهرية لتدريب وتتميه صف ثانٍ من القيادات الإدارية داخل المعهد
 هذا بالإضافة إلى :
  حيث يعانون من جمود وروتين في تطبيق القوانين والتشريعات وعدم القدرة على مواكبة التطورات