La contamination microbienne altère la valeur marchande des aliments en modifiant leur aspect, texture, qualités organoleptiques et valeur nutritionnelle.  La classification des flores d'altération dépend des facteurs influençant leur développement.  Des microorganismes bénéfiques dans certains aliments (ex: bactéries lactiques dans le yaourt, moisissures dans les fromages bleus) peuvent être nuisibles dans d'autres.  Une forte concentration microbienne est nécessaire pour observer une altération significative.