يشمل الأيض في البكتيريا جميع التفاعلات الكيميائية الحيوية التي تمكّن الخلايا من إنتاج الطاقة وتصنيع الجزيئات الحيوية الأساسية.  وينقسم بشكل عام إلى مسارات هدم (Catabolic) تقوم بتكسير المواد لإطلاق الطاقة، بالتركيز على دورة كريبس،  خلال دورة واحدة لكل جزيء Acetyl-CoA يتم إنتاج:
 لا تقتصر أهمية دورة كريبس على إنتاج الطاقة فقط،  بل تعمل أيضًا كمركز أيضي يوفّر مركبات وسيطة تُستخدم في عمليات البناء الحيوي مثل تصنيع الأحماض الأمينية والنيوكليوتيدات.  بينما قد تستخدم البكتيريا اللاهوائية دورة جزئية أو معدلة حسب الظروف والمواد المتاحة.