وفي كل مكان حل به كان يلفت نظر السلطات إليه،  ويدعو لبعث الأمة الإسلامية على أسس عقلية،  لم تدفع به - كما فعلت مع بعض المفكرين المسلمين - إلى إنكار الدين لتعارضه مع العقل في زعمهم.  وذهب الأفغاني في دعوته إلى الأخذ بالبرهان في أصول الدين والحضارة،  إلى حد لم يتطاول إليه المعتزلة أنفسهم وهم عقليو الإسلام الأول.  ورأى الأفغاني الخطورة على المسلمين والعالم المتحضر جميعه في الفلسفات الطبيعية التي يسميها النشرية،  وله فيها مقال في الرد على الدهريين،  وثالث في الرد على ريدان وزعمه أن الإسلام لا يشجع على البحث العلمي.  على دور الدين في بناء الاجتماع والترقى بالإنسانية،  عندما كانوا ملتزمين الاصول دينهم،  وفلسفة اللذة التي قال بها،  أفسدت على الناس أخلاقهم،  وقضت على أساس اجتماعهم وتفوقهم،  وانتهى الأمر بهم إلى الوقوع تحت حكم الرومان. المذهب الدهري باسم التنوير والعدالة الاجتماعية،  وأنكرا المعتقدات الدينية،  وكان على تلميذه أن يواصل من بعده التأكيد على فكرتي و عقلية الإسلام،  وه بعده الحضاري اللتين حمل لواءهما الأفغاني،  وهو تنبيه الضعفاء إلى ما يريده الأقوياء بهم،  ليكونوا دولاً تأخذ بأسباب المدنية والعمران الموصلة إلى العزة والاستقلال غير ناسين تعاليم الإسلام.  ومن أقوال
 وكذلك فإن الأمة الإسلامية،  عندما تفشت فيها تعاليم دهرية الباطنية،