اما عيوب المنهج التاريخي فتتمثل فيما يأتي :
 1 أن المعرفة التاريخية ليست كاملة،  بل تقدم صورة جزئية للماضي نظراً لطبيعة و
 هذه المعرفة المتعلقة بالماضي،  ولطبيعة المصادر التاريخية وتعرضها للعوامل التينتقلل من درجة الثقة بها،  من مثل التلف والتزوير والتحيز2 صعوبة تطبيق الأسلوب العلمي في البحث في الظاهرة التاريخية محل الدراسة :نظراً لأن دراستها بواسطة المنهج التاريخي يتطلب أسلوباً مختلفاً وتفسيراً مختلفاك3 صعوبة تكوين الفرضيات والتحقق من صحتها وذلك لأن البيانات التاريخية معقدة،  ﴾إذ يصعب تحديد علاقة السبب بالنتيجة على غرار ما يحدث في العلوم الطبيعيةك4 صعوبة إخضاع البيانات التاريخية للتجريب،  الأمر الذي يجعل الباحث يكتفي