على الرغم من كافة الايجابيات التى تميز بها التدريب التعاونى الا أن الامر لا يخلو ايضاً من بعض السلبيات التى تعترض طريقة وتتمثل تلك السلبيات فى النقاط الاتيه:-
 	لا يستطيع المتدرب فى التدريب التعاونى ابداء اراءه فى التدريب. 	لا يسمح للمتدرب ابتكار افكار جديده والتى قد تساعده على تحسين مسيرته المهنية. 	يقوم التدريب التعاونى على اجراء بعض الاختبارات على جهاز الحاسوب وذلك بشكل فرد لكل موظف على حدا. 	وتعد تلك النقطة سبب فى شعور المتدرب بشئ من العزله وأنه فى دائره مغلقة بعيداً عن زميله. 	لا يسمح للمتدرب فرصة الاستفسار الكامل عن الاشياء التى يبحث عن تفسير لها خلال فترة التدريب. 	ويرجع ذلك السبب الى خوف المتدرب من الاحراج أمام الجميع.