برغم كثرة أشكال التلوّث في مجرى النيل في مصر من أسوان حتى فرعيه في دمياط ورشيد،  إلا أنّ الأجهزة المعنيّة في ملفّ مياه النيل لا تملك دراسة شاملة عن نوعيّة مياه النهر ما عدا بعض التقارير عن حالات تلوث في أماكن محدّدة في المحافظات الجنوبية.