المعالجة الهوائية :تستعمل في هذه المرحله من معالجه كائنات حيه دقيقه في البكتيريا التي تقوم بتحليل الملوثات العضويه ولكنها تحتاج اكسجين لتتنفس يتم وضع مضخات هوائيه تنفخ الهواء عن الحوض لتساعد على تنفس البكتيريا وتكاثرها وتحليلها للمواد العضويه 
المعالجه اللاهوائيه: تستخدم عند احتواء المياه الملوثه على تراكيز عاليه من المواد العضويه وتتضمن تامين احواض لا هوائيه تعمل للبكتيريا اللاهوائيه على تحويل المواد العضويه الى مواد ذائبه ثم الى غازات مثل الميثان والهيدروجين وكبريت الهيدروجين والامونياك وغاز ثنائي اكسيد الكربون 
المعالجة الفيزيائية الكيميائية: تتمثل تتمثل في اضافه اضافه عوامل مخثره هي غالبا املاح الحديد الثلاثي تسمح هذه المواد بتكتل الدقائق الصغيره في الماء فيكبر حجمها وبالتالي يسهل ترتيبها او تركيدها ثم يتم ترشيحها بتمرير على طبقه من الرمل