فى عام 1959 بدأت فكرة هذا النظام بغرض السيطرة على مخاطر ميكروب Salmonella فى الأغذية. كانت الأبحاث تتم فى كل من معامل الجيش الأمريكي فى مدينة Natick بولاية Massachusettsومعامل وكالة الفضاء الأمريكيةNational Aeronautic and Space Administration  ”ناسا NASA” مع شركة   Pillsbury Company والتي كانت المورد الرئيسي للأغذية لبرامج الفضاء. إجراء العديد من الاختبارات على الأغذية للتأكد من ذلك أدى إلى التوصل إلى نظام يمكن من خلاله التأكيد على سلامة الأغذية فى مراحل التصنيع.             فى عام 1973 قامت شركة Pillsbury بإصدار أول كتيب للتدريب على نظام تحليل سلامة الغذاء الذى يتم تصنيعه بواسطة الشركة. فى عام 1985 صدر تقرير عن الأكاديمية القومية للعلوم National Academy of Sciences بأمريكا عنوانه ”تقييم لدور المعايير المكروبيولوجية للأغذية ومكوناتها“ كان بمثابة دعماً قوياً لنظام الـ  HACCP
 أوضح التقرير أن ”هذا النظام هو نظام محدد للسيطرة على الأخطار المكروبيولوجية عما يتم التوصل إليه بالطرق التقليدية المتبعة فى إجراءات التفتيش على مراقبة الجودة“ . فى عام 1989 قامت الهيئة الأمريكية الاستشارية للمعايير المكروبيولوجية للأغذية The United States National Advisory Committee on Microbiological Criteria for Foods (NACMCF) بوضع نظام الـ HACCP حيث تم توضيح مبادئ سبعة أساسية للنظام باعتباره نظام فعال و منطقى لسلامة الأغذية (جدول 1). فى عام 1992 قامت الهيئة الأمريكية الاستشارية للمعايير المكروبيولوجية للأغذية بتحديث نظام الـ HACCP حيث تمت مراجعة المبادئ السبعة التي تم وضعها فى عام 1989 كما أوصى تقرير اللجنة بإدخال نظام شجرة اتخاذ القرار بغرض تحديد نقاط التحكم الحرجة (جدول 2). فى عام 1997 أتفق كل من الهيئة الأمريكية الاستشارية للمعايير المكروبيولوجية للأغذية وهيئة دستور الأغذية العالمي CODEX على إعادة تغيير تلك المبادئ وذلك بتبديل المبدأين 6،