أما أهم مخاطر وعيوب العملات الرقمية فهي ما يلي: نظرا لعدم إصدار العملات السابقة من أي جهة رسمية فإنه لا يوجد جهة مرجعية يمكن للمتضررين لأي سبب كان الرجوع لها، وبالتالي فإن المستخدم يعتبر مسؤولا شخصيا عن جميع تعاملاته بها.

عدم وجود بيانات كافية لمستخدمي العملات الرقمية وعدم إمكانية الوصول لهذه البيانات من قبل الجهات الرقابية، يجعل منها الوسيلة المفضلة للتداولات المشبوهة، وهو أيضا سبب عدم إمكانية فرض رسوم أو ضرائب حكومية على تعاملاتها، مما يضر باقتصاديات بعض الدول.

التذبذب الحاد والسريع في قيمة هذه العملات يزيد من الريبة والشك تجاهها، مما يخلق حالة من عدم الثقة بقيمتها وبالتالي يحولها من عملة متداولة إلى سلعة في سوق المضاربات.

عدم توافر الإنترنت أو عدم قدرة الكثيرين على استخدام التطبيقات الخاصة بالعملات الرقمية لأسباب لوجستية أو معرفية، قد يجعل من الاعتماد عليها بشكل كامل أمر صعب تطبيقه عمليا.