Lakhasly

Les mesures de distance par paire rapportees dans le tableau 1 ne fournissent aucune information sur la relation entre les virus des patients dentaires infectes ni sur les distances genetiques virales entre les patients et les CL individuelles.Il est prudent, dans le cas des analyses groupees impliquant un nombre relativement restreint de sites phylogenetiquement informatifs, de soumettre les analyses groupees a une analyse statistique bootstrap (27).D'autres arbres ont ete construits en (i) utilisant des sequences consensus ; (ii) reorganiser l'ordre dans lequel les sequences ont ete presentees au programme informatique ; (iii) y compris toutes les sequences LC, d'autres sequences derivees des Etats-Unis et les sequences V4-C3-V5 ; (iv) utiliser uniquement des nucleotides representant les premiere et deuxieme positions de bases dans les codons ; (v) suppression de 64 sites non informatifs (sur un total de 146 sites varies) (26) ; et (vi) retirer et reintroduire successivement les sequences du patient et de la LC. Tous les arbres les plus parcimonieux generes de ces differentes manieres ont conserve le clade dentaire represente sur la figure 1 ; les sequences virales des patients A. B. C. E et G etaient invariablement imbriquees dans les sequences virales du dentiste.Par consequent, nous avons concentre l'analyse sur les arbres constitues a partir des deux sequences les plus divergentes (lorsque disponibles) de chacun des echantillons et avons inclus uniquement les sequences LC qui ont ete trouvees par mesure de distance (Tableau 1) ou par analyse de modele de signature (Tableau 2).Lorsque les sequences virales du dentiste ont ete supprimees de l'analyse ou ont du etre regroupees avec le Sequence consensus LC dans une sequence << definie par l'utilisateur >> arbre (25), la partie restante du clade dentaire est restee intacte (Fig.Dans chacune des 100 iterations de l'analyse bootstrap, les sites nucleotidiques ont ete selectionnes au hasard (avec remplacement) parmi les 146 sites qui avaient servi de base a la construction de l'arbre phylogenetique presente sur la figure 1A.Ainsi, les analyses d'arbres etaient coherentes avec l'analyse de distance genetique resumee dans le tableau 1, et les analyses d'arbres ont defini un lien etroit entre les sequences des patients A, B, C, E et G, independamment de la presence ou de l'absence du virus viral du dentiste.Cependant, les analyses des arbres n'ont pas pu preciser l'ordre, c'est-a-dire le sens, de la transmission au sein du groupe dentaire.En raison du grand nombre de LC, toutes les sequences de clones disponibles dans cette etude n'ont pas pu etre representees de maniere satisfaisante dans un seul arbre .De nombreux arbres tout aussi parcimonieux ont ete trouves ; cependant , le nid monophyletique contenant les sequences du dentiste et des patients A, B, C, E et G etait commun a tous les arbres les plus parcimonieux.Pour examiner de plus pres l'ensemble des relations entre les virus du dentiste, des patients et des CL, nous avons soumis l'ensemble de donnees de sequence nucleotidique C2 V3 a des analyses d'arbres phylogenetiques.Ces analyses groupees se voulaient a la fois << exploratoires >> et, dans les limites des longueurs de sequence , .De plus, ces mesures ne delimitent pas la source proximale des virus infectant chaque patient dentaire.1B).sequences.

Les mesures de distance par paire rapportées dans le tableau 1 ne fournissent aucune information sur la relation entre les virus des patients dentaires infectés ni sur les distances génétiques virales entre les patients et les CL individuelles. De plus, ces mesures ne délimitent pas la source proximale des virus infectant chaque patient dentaire. Pour examiner de plus près l'ensemble des relations entre les virus du dentiste, des patients et des CL, nous avons soumis l'ensemble de données de séquence nucléotidique C2 V3 à des analyses d'arbres phylogénétiques. Ces analyses groupées se voulaient à la fois « exploratoires » et, dans les limites des longueurs de séquence , . Un arbre représentatif comprenant le groupe dentaire et certaines séquences LC est montré sur la figure 1. Un algorithme de parcimonie a été utilisé pour générer cet arbre. En raison du grand nombre de LC, toutes les séquences de clones disponibles dans cette étude n'ont pas pu être représentées de manière satisfaisante dans un seul arbre . Par conséquent, nous avons concentré l'analyse sur les arbres constitués à partir des deux séquences les plus divergentes (lorsque disponibles) de chacun des échantillons et avons inclus uniquement les séquences LC qui ont été trouvées par mesure de distance (Tableau 1) ou par analyse de modèle de signature (Tableau 2). être le plus étroitement lié aux séquences de groupes dentaires. De plus, une séquence consensus dérivée de toutes les séquences LC (séquence consensus LC) a été incluse. De nombreux arbres tout aussi parcimonieux ont été trouvés ; cependant , le nid monophylétique contenant les séquences du dentiste et des patients A, B, C, E et G était commun à tous les arbres les plus parcimonieux. Ce nid, indiqué par la zone encadrée sur la figure 1A, sera appelé le clade dentaire.
D'autres arbres ont été construits en (i) utilisant des séquences consensus ; (ii) réorganiser l'ordre dans lequel les séquences ont été présentées au programme informatique ; (iii) y compris toutes les séquences LC, d'autres séquences dérivées des États-Unis et les séquences V4-C3-V5 ; (iv) utiliser uniquement des nucléotides représentant les première et deuxième positions de bases dans les codons ; (v) suppression de 64 sites non informatifs (sur un total de 146 sites variés) (26) ; et (vi) retirer et réintroduire successivement les séquences du patient et de la LC. Tous les arbres les plus parcimonieux générés de ces différentes manières ont conservé le clade dentaire représenté sur la figure 1 ; les séquences virales des patients A. B. C. E et G étaient invariablement imbriquées dans les séquences virales du dentiste. Lorsque les séquences virales du dentiste ont été supprimées de l'analyse ou ont dû être regroupées avec le Séquence consensus LC dans une séquence « définie par l'utilisateur » arbre (25), la partie restante du clade dentaire est restée intacte (Fig. 1B). Ainsi, les analyses d'arbres étaient cohérentes avec l'analyse de distance génétique résumée dans le tableau 1, et les analyses d'arbres ont défini un lien étroit entre les séquences des patients A, B, C, E et G, indépendamment de la présence ou de l'absence du virus viral du dentiste. séquences. Cependant, les analyses des arbres n'ont pas pu préciser l'ordre, c'est-à-dire le sens, de la transmission au sein du groupe dentaire.
Il est prudent, dans le cas des analyses groupées impliquant un nombre relativement restreint de sites phylogénétiquement informatifs, de soumettre les analyses groupées à une analyse statistique bootstrap (27). Dans chacune des 100 itérations de l'analyse bootstrap, les sites nucléotidiques ont été sélectionnés au hasard (avec remplacement) parmi les 146 sites qui avaient servi de base à la construction de l'arbre phylogénétique présenté sur la figure 1A. Un nouvel arbre a ensuite été construit pour chaque itération. Grâce à cette procédure, le regroupement monophylétique des séquences dentaires a été observé dans 79 répétitions sur 100 (26).