لخّصلي

Bioinformatics Retrieval Systems :/ استرجاع المعلوماتية الحيوية12 توفر المعلوماتية الحيوية الكم الهائل من البيانات المخزونة ف قواعد البيانات ويكون ف كثير من الأحيان استرجاع هذه البيانات لأغراض شتى، وبخاصة استرجاع التواليات والتعرف على التواليات من حيث موقعها في الجين أو وظيفتها أو أية معلومات موجودة ضمن عملية التهميش المرافقة للتواليات، ويعد استرجاع البيانات من المهام الرئيسة المنوطة بها المعلوماتية الحيوية سواء البيانات الأولية (التواليات) أو البيانات الوصفية، يمكن تلخيص بعضها فيما يلي: 260تنظيم وإدارة المعلوماتية الحيوية في علوم المكتبات والمعلومات فالنهايات الصغرى من البيانات الوصفية تختلف من مؤسسة لأخرى. - اللغة المستعملة في البحث ليست قياسية، فالإنكليزية الأمريكية تكتب (اللون ، Colour(

• تفسير الاختصارت اللغوية أحيانا بشكل خاطئ، فمثلا:( )Mediaتعني الإعلان ووسائله ف العموم، لذلك لابد من وجود بيانات وصفية إضافية تمكن الحاسب من إرجاع الكلمات المستعملة ضمن النطاق المطلوب. وعند استخدام استعلامات معقدة ف قاعدة ما، البحث، حيث إن أغلب قواعد البيانات البيولوجية تستعمل بعض هذه العلاقات الجبرية. نماذج من أنظمة البحث واسترجاع البيانات بقواعد المعلومات الحيوية: نظام Entrezلاسترجاع البيانات يمثل نقطة البداية ف البحث ف قواعد معلومات ، NCBIحيث يعمل DNA, Proteinsفضلا عن قواعد بياناتة الإنتاج الفكري مثل . لذلك لا يحتاج المستخدم عند البحث الولوج إلى قاعد بيانات بعينها، 2) EMBLNEW retrieval system SRS (EBI) التواليات، والجينومات الكاملة (المحدد تواليها، فضلا عن إمكانيات إلخ. وبطبيعة الحال يتيح النظام إمكانية الربط التشعبي لنتائج البحث من خارج النظام الأوربي . وينتج نظام الاسترجاع هذا صيغ ملفات تعرفإبراهيم صبري المتولي 261بـ EMIBL formatوبخاصة بالمركز الأورپی تحوي معلومات تخص التواليات المستعلم عنها، وهناك العديد من الصيغ التي يمكن أن تخص كل قاعدة بيانات أو برنامج سيتم الإشارة اليها لاح ًقا. الإرشادات التي تساعد في عمليات البحث بقواعد المعلوماتية الحيوية:
• ترجمة تواليات DNAإلى تواليات البروتين ثم البحث عن الأخيرة ف قواعد البروتينات، بد ًلا من البحث مباشرة بتواليات ، - البحث ف أكثر من قاعدة بيانات أو برنامج للوصول إلى نتائج معينة. ثم الانتقال إلى وسائل البحث الدقيقة.

Bioinformatics Retrieval Systems :/ استرجاع المعلوماتية الحيوية12
توفر المعلوماتية الحيوية الكم الهائل من البيانات المخزونة ف قواعد البيانات ويكون ف كثير من الأحيان
استرجاع هذه البيانات لأغراض شتى، وبخاصة استرجاع التواليات والتعرف على التواليات من حيث موقعها في الجين أو وظيفتها أو أية معلومات موجودة ضمن عملية التهميش المرافقة للتواليات، ويعد استرجاع البيانات من المهام الرئيسة المنوطة بها المعلوماتية الحيوية سواء البيانات الأولية (التواليات) أو البيانات الوصفية، ولعملية الاسترجاع ف حقل المعلوماتية الحيوية مشاكل كثيرة تعيق عمليات البحث نتيجة من عدة أسباب، يمكن تلخيص بعضها فيما يلي: 260تنظيم وإدارة المعلوماتية الحيوية في علوم المكتبات والمعلومات

• عدم إيفاء البيانات الوصفية للتسلسلات بجميع المعلومات التي يحتاجها الباحث، فالنهايات الصغرى
  من البيانات الوصفية تختلف من مؤسسة لأخرى.


• اللغة المستعملة في البحث ليست قياسية، وحتى عند استعمال اللغة الإنكليزية كلغة تواصل فهناك
  اختلافات في الإملاء، فالإنكليزية الأمريكية تكتب (اللون ،)Colorف حين أن الإنكليزية البريطانية يكتبها
  .)Colour(


• تفسير الاختصارت اللغوية أحيانا بشكل خاطئ، فمثلا:( )Mediaتعني الإعلان ووسائله ف العموم،
  ف حين تعني: "الوسط الزرعي لتنمية الأحياء المجهرية" للعاملين ف مجال الأحياء المجهرية، لذلك لابد من
  وجود بيانات وصفية إضافية تمكن الحاسب من إرجاع الكلمات المستعملة ضمن النطاق المطلوب.
  تسهل أنظمة الاسترجاع الدخول إلى عدة قواعد بيانات للحصول على نتائج البحث، وعند استخدام
  استعلامات معقدة ف قاعدة ما، لابد من استخدام العلاقات الجبرية Boolean operatorsلتضيق عمليات
  البحث، حيث إن أغلب قواعد البيانات البيولوجية تستعمل بعض هذه العلاقات الجبرية.
  نماذج من أنظمة البحث واسترجاع البيانات بقواعد المعلومات الحيوية:

1. Entrez Retrieval System (NCBI)
   نظام Entrezلاسترجاع البيانات يمثل نقطة البداية ف البحث ف قواعد معلومات ،NCBIحيث يعمل
   النظام على البحث ف جميع قواعد بيانات NCBIالبالغ عددها حوالي ( )38قاعدة بيانات، والتي تتنوع ما بين قواعد بيانات الأحماض النووية ( ،)DNA, RNAوالأحماض الأمينية ( ،)Proteinsفضلا عن قواعد بياناتة الإنتاج الفكري مثل ...PubMedإلخ ، لذلك لا يحتاج المستخدم عند البحث الولوج إلى قاعد بيانات بعينها، بل البحث فيها جمي ًعا، ومن ثم عرض النتائج مصنفة حسب قواعد البيانات.


2. EMBLNEW retrieval system SRS (EBI)
   نظام استرجاع تابع للمركز الأوربي وهو أكثر شمولية من نظام .Entrezوتوفر واجهته إمكانيات كبيرة
   للحصول على المعلومات مثل: الدخول إلى أكثر من 80من قواعد البيانات التي تتمثل ف قواعد بيانات
   التواليات، والجينومات الكاملة (المحدد تواليها،) والخرائط الوراثية والطفرات ومواقعها، فضلا عن إمكانيات
   للتنبؤ بالتركيب الثلاثي للبروتينات...إلخ. وبطبيعة الحال يتيح النظام إمكانية الربط التشعبي لنتائج البحث من
   خارج النظام الأوربي .EBIويتم تجديد القواعد بشكل دوري كل ثلاثة أشهر، وتحتوي النتائج على التوالي
   المستعلم عنه والتهميش الخاص به وروابط إلى المراجع الخاصة، وينتج نظام الاسترجاع هذا صيغ ملفات تعرفإبراهيم صبري المتولي 261بـ EMIBL formatوبخاصة بالمركز الأورپی تحوي معلومات تخص التواليات المستعلم عنها، وهناك العديد من الصيغ التي يمكن أن تخص كل قاعدة بيانات أو برنامج سيتم الإشارة اليها لاح ًقا. (The European
   Bioinformatics Institute, 2020)
   الإرشادات التي تساعد في عمليات البحث بقواعد المعلوماتية الحيوية:

• ترجمة تواليات DNAإلى تواليات البروتين ثم البحث عن الأخيرة ف قواعد البروتينات، بد ًلا من
  البحث مباشرة بتواليات ،DNAلأن الترجمة تعطي نتائج أفضل وأدق.


• البحث ف أكثر من قاعدة بيانات أو برنامج للوصول إلى نتائج معينة.


• استخدام وسائل البحث الموجهة والسريعة، ثم الانتقال إلى وسائل البحث الدقيقة.


• عند وجود الإمكانية يفضل استعمال تواليات البروتينات بدلا عما يقابلها من تواليا. DNA


• يفضل البحث باستعمال تواليات استعلام طويلة مثلا لـ DNAتكون أكبر من 1000من القواعد
  النتروجينية وللبروتينات بحدود 200حامض أميني.


• في حالة احتواء توالي الاستعلام على المكررات Repeatsفيجب إزالتها ولهذا توجد برامج خاصة، ثم
  معاودة البحث في قواعد البيانات