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Le suivi des espèces, quelque chose d'animal ou végétal, permet de renseigner les chercheurs sur l'évolution du nombre d'individus du même espèce au fil des années. La multiplication des suivis d'espèces permet de se rendre compte de l'état général de la biodiversité et parfois de faire des découvertes. Dans un premier temps, il est nécessaire d'observer ces populations et de faire des inventaires
Pour cela, le comptage, à vue ou par écoute, est la méthode la plus utilisée car la plus facile à mettre en œuvre est la moins coûteuse. Pour le comptage direct des espèces, plusieurs techniques sont possibles. Le long d'un tracé, au transecte, que ce soit sur un chemin en forêt ou en bas de route. Au niveau de points d'écoute pour identifier au champ les oiseaux ou les amphibiens. Ou enfin dans une zone bien délimitée appelée quadra. La pose de piège est une technique utilisée pour observer ou capturer des espèces qui ne sont pas faciles à contacter à vue.
Les pièges photos sont disposés sur des chemins pour observer des gros mammifères, généralement très sensibles à la présence de l'homme, et donc difficiles de croiser. La capture des poissons, ça fait tueur de session de pêche électrique, au filet ou par des nasses. Le comptage des papillons, des coléoptères ou autres insectes photosensibles se fait grâce à un drap blanc étendu la nuit et éclairé avec des lampes très puissantes. Ces insectes sont attirés par la lumière et viennent se poser sur le drap.
Pour les chauves-souris et quelques oiseaux de sous-bois, la capture et l'identification des espèces nécessite l'emploi de filets japonais. Pour les amphibiens et les reptiles terrestres, la pose de pitfall, correspondant à des goulottes et seaux enterrés ou des trous camouflés, est intéressante pour recenser les espèces d'une zone. Les techniques indirectes, plus occasionnelles et complémentaires, consistent à relever des indices de présence, comme des empreintes.
des excréments, des poils, repérer les terriers, les nids, permettant parfois d'identifier l'espèce sur un territoire sans l'avoir vu directement ou capturée. Enfin, une nouvelle méthode, appelée ADN environnementale, se base sur le principe qu'une espèce perd des fragments d'ADN dans son environnement. Cela consiste ensuite à prélever un échantillon de terre, d'eau, des corces ou autres, afin d'en extraire l'ADN et de la séquencer pour identifier les espèces présentes dans l'environnement de cet échantillon.
Une fois que les inventaires sont réalisés, des suivis sont mis en place régulièrement, à différents moments de la journée et de l'année, pour mieux comprendre la répartition, l'abondance des espèces en fonction du temps, Bref, leur dynamique. Pour ce faire, plusieurs techniques de suivi sont possibles, adaptées en fonction des espèces étudiées. La CMR pour capture, marquage, recapture, est la technique la plus utilisée. Une fois l'animal capturé, il passe une batterie de mesure biométrique,
Puis il est marqué à l'aide d'une bague, d'un tatouage ou une scarification indolore, individualisée, avant d'être relâché à l'endroit où il était capturé. La prochaine fois que cet individu sera piégé, l'animal sera identifié grâce à son marquage personnel et de nouvelles mesures biométriques sur-analyzées, puis comparé avec les données antérieures avant la libération de l'individu. De plus, grâce à la proportion d'individus marqués lors de la capture, on peut en déduire un effectif relatif et suivre ainsi l'évolution de l'effectif d'une espèce.
La CMR de certaines espèces, comme quelques félins, cétacés, requins ou amphibiens, ne nécessitent pas de phase de marquage. En effet, chaque individu identifiable par la disposition de ses tâches, ou encore la présence de cicatrices, comme des griffures, des morsures, cumulé au cours de leur propre histoire. Ces marques les suivent toute leur vie et sont comme des empreintes digitales. Le marquage peut être également fait grâce à une puce sous-cutanée. Une fois recapturée, un appareil lit la puce et donne le code de l'individu.
La CMR peut être également l'occasion d'équiper des animaux d'émetteurs, d'une caméra, voire de sonde, thermomètres, altimètres, profondimètres, cardiofréquencemètres, accéléromètres, GPS, afin de suivre en temps réel les déplacements des individus, mais aussi de prendre de nombreuses informations sur la biologie de l'animal. Grâce à cette technique, nous avons pu comprendre le déplacement des tortues marines, des albatros ou encore des hérons qui pouvaient parcourir une très grande distance