لخّصلي

1- Les bacteries Les bacteries sont des micro-organismes procaryotes (sans noyau) unicellulaires simples.Certaines provoquent des infections en envahissant un hote, d'autres liberent des toxines dans l'aliment ou encore sont responsables de toxi-infections.1.Les enterobacteries La famille des Enterobacteries (Enterobacteriaceae) regroupe de nombreuses especes dont la plupart sont des hotes normaux (commensaux) de l'intestin de l'homme et des animaux.Les formes bacteriennes Les bacteries sont presentes dans la plupart des habitats sur la terre et se reproduisent par scissiparite, c'est-a-dire que la cellule mere se divise en deux cellules filles identiques.Les especes qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).Ce sont des contaminants alimentaires tres frequents (contamination fecale directe et indirecte) et c'est pour cette raison que nous nous interesserons particulierement a ces bacteries.Les principales enterobacteries rencontrees dans l'alimentation sont nombreuses mais nous n'allons nous interesser qu'a certaines de ces bacteries qui sont presentees ci-dessous : 1.1.1.Les Enterobacteries sont tres repandues dans la nature en raison de la contamination de l'environnement par l'intermediaire des matieres fecales animales et humaines et des eaux d'egout.Celles-ci sont capables de developpements abondants dans un produit alimentaire et donc de degradations importantes. Leur genome est constitue d'ADN circulaire (un seul chromosome et eventuellement des plasmides).Les bacteries sont capables de synthetiser leurs propres macromolecules et constituants cellulaires a partir de nutriments.Ainsi, leur cellules peuvent etre rondes (coques), allongees (bacilles, batonnets), intermediaires (cocobacilles) ou encore spiralees.Dans des conditions favorables, une population de bacteries peut doubler toutes les vingt minutes.Certaines sont utiles (fermentations) alors que d'autres sont dangereuses d'un point de vue sanitaire.Les enterobacteries sont une famille tres heterogene pour ce qui est de leur pathogenie et de leur ecologie.Leur taille est comprise entre 0,1 et 10 micrometres et leur morphologie est tres diversifiee.Ainsi, les bacteries sont une source de contamination de nombreux produits alimentaires.Dans l'intestin terminal, ces bacteries representent plus de 10 % de la flore totale et la majorite de la flore intestinale aero-anaerobie.Chez l'homme, l'enterobacterie intestinale dominante est Escherichia coli.Leur vitesse de proliferation est donc tres importante.La famille des enterobacteries se definit par les caracteres suivants : ?fermentant le glucose avec ou sans production de gaz ; ?mobiles avec ciliature peritriche ou immobiles ; ?bacilles a Gram negatif (2 a 4 microns de long sur 0,4 a 0,6 microns de large) ; ?poussant sur milieux de culture ordinaires ; ?reduisant les nitrates en nitrites ; ?aerobies-anaerobies facultatifs ; ?oxydase negatif.Figure 01.

1- Les bactéries
Les bactéries sont des micro-organismes procaryotes (sans noyau) unicellulaires
simples. Leur génome est constitué d’ADN circulaire (un seul chromosome et
éventuellement des plasmides). Les bactéries sont capables de synthétiser leurs propres
macromolécules et constituants cellulaires à partir de nutriments. Leur taille est
comprise entre 0,1 et 10 micromètres et leur morphologie est très diversifiée. Ainsi, leur
cellules peuvent être rondes (coques), allongées (bacilles, bâtonnets), intermédiaires
(cocobacilles) ou encore spiralées.
Figure 01. Les formes bactériennes
Les bactéries sont présentes dans la plupart des habitats sur la terre et se reproduisent par
scissiparité, c’est-à-dire que la cellule mère se divise en deux cellules filles identiques.
Dans des conditions favorables, une population de bactéries peut doubler toutes les vingt
minutes. Leur vitesse de prolifération est donc très importante. Ainsi, les bactéries sont
une source de contamination de nombreux produits alimentaires.
Certaines sont utiles (fermentations) alors que d’autres sont dangereuses d’un point de
vue sanitaire. Certaines provoquent des infections en envahissant un hôte, d’autres
libèrent des toxines dans l’aliment ou encore sont responsables de toxi-infections.1.Les entérobactéries
La famille des Entérobactéries (Enterobacteriaceae) regroupe de nombreuses espèces
dont la plupart sont des hôtes normaux (commensaux) de l’intestin de l’homme et des
animaux. Dans l’intestin terminal, ces bactéries représentent plus de 10 % de la flore
totale et la majorité de la flore intestinale aéro-anaérobie. Chez l’homme,
l’entérobactérie intestinale dominante est Escherichia coli. Les Entérobactéries sont très
répandues dans la nature en raison de la contamination de l’environnement par
l’intermédiaire des matières fécales animales et humaines et des eaux d’égout. La
famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants :
 bacilles à Gram négatif (2 à 4 microns de long sur 0,4 à 0,6 microns de large) ;
 mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles ;
 poussant sur milieux de culture ordinaires ;
 aérobies-anaérobies facultatifs ;
 fermentant le glucose avec ou sans production de gaz ;
 réduisant les nitrates en nitrites ;
 oxydase négatif.
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur pathogénie et
de leur écologie. Les espèces qui composent cette famille sont en effet soit parasites
(Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis,
Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp). Ce sont des
contaminants alimentaires très fréquents (contamination fécale directe et indirecte) et
c’est pour cette raison que nous nous intéresserons particulièrement à ces bactéries.
Celles-ci sont capables de développements abondants dans un produit alimentaire et
donc de dégradations importantes. Les principales entérobactéries rencontrées dans
l’alimentation sont nombreuses mais nous n’allons nous intéresser qu’à certaines de ces
bactéries qui sont présentées ci-dessous :
1.1.1. Coliformes totaux
En microbiologie alimentaire, on appelle " coliformes " les entérobactéries fermentant
le lactose avec production de gaz à 37˚C. Il s’agit d’un groupe disparate issu de plusieurs
tribus qui comprend les genres suivants : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter et
Klebsiella. Sauf quelques biotypes d’Escherichia coli, il s’agit d’espèces peu dangereuses sur le plan sanitaire et qui ne sont jamais entéro-pathogènes. Cependant,
lorsqu’ils sont en nombre très élevé, les coliformes peuvent provoquer des intoxications
alimentaires. Les coliformes sont donc des marqueurs de qualité hygiènique générale et
c’est pour cette raison que leur dénombrement est intéressant.
1.1.2. Coliformes fécaux ou thermo tolérants:
Les coliformes fécaux sont des coliformes capables de se développer (fermentation du
lactose) à 44˚C. Cette catégorie inclut essentiellement Escherichia coli qui est spécifique
de la flore fécale et est donc recherchée pour évaluer la contamination fécale des
aliments. Les coliformes fécaux ne survivent pas longtemps à l’extérieur du corps, leur
présence dans les aliments est donc un signe de contamination relativement récente.
Pour distinguer les coliformes des coliformes fécaux, l’incubation à 2 températures
différentes (37˚C et 44˚C respectivement) est nécessaire.
1.1.3. Escherichia coli :
Il s’agit d’une Entérobactérie lactose positif, gazogène, réalisant une fermentation mixte
; elle produit de l’indole. C’est un hôte normal de l’intestin de l’homme et des animaux
qui est très abondant dans les matières fécales (106 à 107
par gramme chez l’homme : 80
% de la flore aérobie).
C’est l’un des résidents les plus communs du tractus intestinal et c’est probablement
l’organisme le mieux connu en microbiologie. Comme les autres coliformes, cette
espèce peut être responsable d’intoxications à cause d’un développement abondant.
E.coli (Figure2) est l’une des principales bactéries responsables de diarrhée dans les
pays en voie de développement, où elle génère des épidémies de collectivité. La
transmission des infections par E.coli est féco-orale.
Les différents syndromes cliniques sont dus à des E.coli différents. On reconnaît au
moins cinq types de souches responsables de diarrhées :
 E.coli entéro-pathogènes (ECEP): Ces souches sont responsables des gastroentérites sévères surtout chez les enfants de moins d’un an. Elles possèdent parfois
des toxines de type Shiga-like.
 E.coli entéro-toxigènes (ECET): Elles provoquent des syndrômes cholériformes.
Ces souches sont capables d’excréter des toxines (thermostables et thermolabiles).
C’est l’agent responsable de la diarrhée des voyageurs. E.coli entéro-invasifs (ECEI): Ces souches infectieuses sont très rares. Elles
provoquent des diarrhées aiguës avec fièvre. La souche se fixe à la muqueuse et
l’infecte. La présence de leucocytes dans les selles est le témoignage du processus
invasif.
 E.coli entéro-hémorragiques (ECEH): Ces souches sont responsables de diarrhées
banales ou hémorragiques. Elles provoquent une diarrhée sanglante. La souche la
plus dangereuse est responsable d’épisodes épidémiques avec des cas mortels. Un
produit alimentaire contaminé peut être à l’origine des épidémies (surtout la viande).
 E.coli entéro-agrégatifs (EAggEC): Ces souches provoquent des diarrhées
chroniques persistantes
Figure 2: Escherichia coli (sous microscope à balayage)
1.1.4. Salmonella
Les salmonelles sont responsables des salmonelloses humaines typhiques et non
typhiques. Ce sont des bacilles à coloration de Gram négative, généralement mobiles(
figure 3). Le genre Salmonella comporte 2 espèces (S. enterica et S. bongori), l’espèce
S. enterica étant elle-même divisée en 6 sous-espèces (enterica, salamae, arizonae,
diarizonae, houtenae et indica) sur la base de critères phénotypiques. Le sérotypage,
basé sur la caractérisation des antigènes somatiques (O) et flagellaires (H), permet le
classement des sous-espèces en sérotypes (ou sérovars) ; S. Enteritidis et S.
Typhimurium prédominent dans le domaine alimentaire.
Le réservoir principal des salmonelles non typhiques est le tractus gastro-intestinal des
animaux à sang chaud : les mammifères (porcs, bovins, rongeurs …), les oiseaux sauvages et domestiques. Certaines souches peuvent également être isolées à partir
d’autres sources, telles que les animaux à sang froid (mollusques, poissons, reptiles y
compris les tortues). Le réservoir animal constitue donc la principale source du danger,
les animaux sauvages, domestiques, de production ou de compagnie, étant souvent
porteurs asymptomatiques de ces bactéries (les formes cliniques sont rares). Ainsi, les
salmonelles présentes dans les matières fécales de ces animaux, dans les effluents
d’élevage et dans les eaux usées, peuvent contaminer les pâturages, les sols et l’eau et y
survivre pendant plusieurs mois ; dans ces conditions, l’environnement peut devenir une
source de danger et alimenter les réservoirs principaux.
Salmonella Typhi et Paratyphi se transmettent par contamination fécale-orale, de
personne à personne, par consommation d’eau ou d’aliments contaminés par des selles
de personnes infectées.
L’ingestion de 105
bactéries entraîne une toxi-infection alimentaire. Les toxi-infections à
Salmonella se manifestent par des diarrhées, de la fièvre et des vomissements ; les
premiers signes surviennent 8 à 10 heures après l’ingestion de l’aliment contaminé.
L’évolution de ces gastro-entérites est souvent favorable en quelques jours mais, elle
constitue un réel danger chez les jeunes enfants. La plus simple prévention contre une
infection à Salmonella est l’hygiène.
Figure 03: Salmonella spp (sous microscope à balayage)
1.1.5. Shigella
Les Shigelles, prototypes des bactéries entéro-invasives, sont des bacilles à Gram
négatif de la famille des entérobactéries, apparaissant sous la forme de courts bâtonnets
de 2 à 3 micromètres de long, immobiles, non encapsulés et ne possédant pas de
flagelles. La température optimale de croissance des Shigelles est de 37°C en milieu aéro ou
anaérobie. Ils sont peu résistants en milieu extérieur. Il existe quatre espèces de
Shigelles : Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella boydii et Shigella sonnei,
distinguables en fonction de leurs propriétés biochimiques, de la nature de l’antigène
polysaccharidique de surface et de la susceptibilité du phage à la colimicine.
Les infections alimentaires à Shigelles prouvées doivent toujours être traitées par
antibiotiques. Le traitement diminue la durée de la diarrhée, empêche les complications
et réduit considérablement le nombre de pathogènes dans les selles protégeant ainsi la
communauté.
Le tube digestif de l’homme constitue l’unique réservoir naturel des Shigelles, exception
faite des primates en captivité. Les bactéries ne font pas partie de la flore normale, elles
sont uniquement présentes dans les selles des malades et des porteurs sains. L’homme
élimine les bactéries par ses selles, une selle diarrhéique contient 106
à 108
Shigelles/gramme, et les disperse dans le milieu extérieur, sol, eau, où fragiles elles ne
survivent pas longtemps.
Les mesures de lutte contre les infections alimentaires à Shigelles impliquent une prise
en charge des cas appropriés, mais doivent également et avant tout, porter sur le
comportement, l’hygiène personnelle, l’assainissement et l’approvisionnement en eau
potable et en aliments
Figure 04: Shigella spp (sous microscope à balayage)
1.2. Listeria
La listeria est un bâtonnet à Gram positif qui mesure généralement 0,5 à 2 mm de long.
Il ne forme pas de spores et n'est pas encapsulé anaérobie facultatif. La listeria peut
apparaître coccoïde et mobile selon la température de croissance. Ils ont une température de croissance optimale de 30 à 37°C et certaines espèces, notamment Listeria
monocytogenes, peuvent croître à des températures aussi basses que 4°C
(psychrotolérante). En tant que telles, ces espèces sont un danger d'origine alimentaire
particulier en raison de leur capacité à se reproduire, quoique lentement, à des
températures réfrigérées. Elles sont responsables d’infections d’origine alimentaire. À
20–25°C, ils forment des flagelles (et d'autres antigènes ainsi que des facteurs de
virulence) et sont donc mobiles, alors qu’à 37 ° C ils ne le sont pas.
Figure 05 : Culture bacterienne de Listeria monocytogenes
1.3. Brucella
Brucella est l’agent responsable de la brucellose, maladie infectieuse et contagieuse chez
l’animal, transmissible à l’homme et de répartition mondiale. Brucella est un
coccobacille à Gram négatif intracellulaire facultatif, de 0,5 à 0,7 µm de diamètre et 0,5
à 1,5 µm de longueur. Les cellules sont immobiles et ne forment ni flagelle
conventionnel, ni capsule, ni spore. Les bactéries du genre Brucella sont aérobies
strictes, mais certaines souches nécessitent une atmosphère enrichie en CO2 (5 à 10 %)
pour leur croissance.
La brucellose est une zoonose. La contamination de l’homme peut se produire: • par
consommation d’aliments contaminés (essentiellement lait et produits laitiers crus); • par
contact de la peau (même apparemment saine) ou des muqueuses (digestives,
conjonctivales et naso-pharyngées) avec des animaux infectés et leurs produits
(principalement les sécrétions génitales, avortons et placentas mais aussi les organes
infectés, foie, rate, mamelle notamment, ainsi que le fumier ou la laine contaminés)Le pouvoir infectieux des Brucella est élevé, notamment par voie aérienne, mais la dose
infectieuse est très liée à la sensibilité individuelle des personnes exposées. Dix à cent
unités formant colonie, voire moins, semblent pouvoir être à l’origine d’une infection
humaine.
Figure 06: Brucella spp (sous microscope électronique)
1.4. Staphylocoques
Les membres de ce genre sont des coques Gram+, souvent en amas. Certaines espèces
contiennent des pigments caroténoïdes orange ou jaune. Non mobiles, anaérobies
facultatifs, chimioorganohétérotrophes. Leurs sources de carbone incluent divers sucres,
communément halotolérants et catalase+. Les staphylocoques sont répartis en souches
coagulase+ et souches coagulase- . Parmi les premières, figurent S. aureus et S.
intermedius; parmi les dernières, S. epidermidis. Ils sont commensaux et pathogènes
chez l'homme et chez d'autres animaux.
S. aureus coagulase+ est pathogène, il produit des entérotoxines thermostables libérées
dans l'aliment lors de la croissance
L'intoxination est caractérisée par une incubation de courte durée (1 à 6 heures en
moyenne 3 heures), puis par des symptômes variés: nausée, vomissement, douleurs
abdominales, diarrhée, céphalée, chute de la tension artérielle, hypermobilité intestinale,
quelque fois fièvre. La DMI (Dose Minimale Infectieuse) est de l'ordre de 105
à 106
germe/g, la quantité de toxine dangereuse pour l'homme est de 0,1 à 10 µg/Kg. Les aliments dangereux sont nombreux: viandes, plats cuisinés, produits à base de lait ou
d'œufs, pâtisserie, crèmes glacées, etc. Les entérotoxines ne sont pas hydrolysables par
les protéases digestives (pepsine, trypsine), très résistantes aux traitements thermiques,
résistent à la pasteurisation (60°C/30 min), elles résistent jusqu'à 30 min/100°C.
L'empoisonnement alimentaire se fait usuellement par l'aliment contaminé par des
blessures infectées des mains, par la flore normale de la peau ou de l'appareil respiratoire
des manipulateurs. Les aliments à haute concentration en sels et en sucres constituent un
bon milieu de croissance pour S. aureus.
Figure 07: S.aureus sur gélose au sang cuit
1.5. Les bactéries sporulées
1.5.1. Les bactéries sporulées aérobies :
 Genre Bacillus
Ce sont des bâtonnets Gram+, habituellement mobiles à endospores, la morphologie de
la spore est un critère important pour la classification. Aérobies ou anaérobies facultatifs
selon les espèces, catalase+. Leur métabolisme est respiratoire ou facultativement
fermentatif. La plupart des espèces peuvent croître sur la gélose nutritive. Se trouve
comme saprophytes dans le sol et les eaux. Certaines espèces peuvent être pathogènes
pour l'homme et d'autres animaux (y compris les insectes). Ils contaminent de nombreux
produits alimentaires et sont souvent protéolytique. En raison de leur aptitude à la
sporulation, ils résistent à des conditions défavorables et peuvent être des agents de dégradation des conserves alimentaires. B. stearothermophilus, B. coagulans et B.
cereus sont des espèces fréquentes dans le sol, sur les végétaux, et en particulier les
céréales, la peau des animaux. Elles sont souvent impliquées dans des toxi-infections
(ufc 104
à 107
germe/g). B. cereus produit cinq toxines : l’hémolysine, la phospholipase
C, la murine, la cytolysine, une toxine émétisante), les aliments incriminés sont les
viandes, les plats cuisinés, le lait, les pâtisseries, certains produits végétaux.
1.5.2. Les bactéries sporulées anaérobies :
 Genre Clostridium
Ces bactéries appartiennent à la famille des Bacillaceae. Il s'agit de bactéries
communément rencontrées dans le sol, les eaux d'égout et l'intestin. Elles peuvent
contaminer et dégrader les produits alimentaires dans des conditions anaérobies
(conserves). Les Clostridium sont des bacilles Gram+, souvent de grande taille, isolés ou
en chaînettes. La forme et la position de la spore est importante en taxinomie (la spore
résiste plusieurs minutes à 100 °C), ils sont généralement immobiles. Catalase- et
anaérobies strict, l'oxygène est létal pour ces espèces. Ils se multiplient facilement sur
les milieux ordinaires.
En anaérobiose ils sont protéolytiques ou saccharolytiques selon les espèces et
fréquemment gazogènes. Ils contaminent de nombreux produits : l’eau, le lait, le
poisson, les aliments fermentés ou congelés et surtout les conserves alimentaires. Ils
dégradent les sucres et les protéines en libérant de l'acide butyrique ou de l'H2S.
Quelques espèces sont responsables d'intoxination ou gastroentérite (Cl. perfringens) ou
de graves intoxinations souvent mortelles (Cl. botulinum). Les Clostridium sont classés
en fonction de leur métabolisme et de leur action sur les substrats, on distingue :
• Les Clostridium saccharolytiques sont gazogènes (CO2+, H2+, H2S-), ils produisent
souvent de l'acide butyrique, acidifient et coagulent le lait, ne liquéfient pas la gélatine,
il s'agit d'espèces mésophiles : Cl. butyricum, Cl. tyrobutyricum.
• Les Clostridium protéolytiques ou putréfiants sont des agents très actifs de
dégradation des protéines, peut fermentatifs et peut gazogénes (H2S+), liquéfient la
gélatine, digèrent la caséine du lait avec ou sans coagulation : Cl. botulinum, Cl.
putrefaciens.
• Les Clostridium à la fois protéolytiques et saccharolytiques liquéfient la gélatine,
mais possèdent également une intense activité fermentaire (H2S+), ils sont souvent
appelés des Clostridium «sulfitoréducteurs1.6. Les bactéries lactiques
Les bactéries lactiques sont des cocci ou des bâtonnets Gram+, catalase-. Elles
synthétisent leur ATP grâce à la fermentation lactique des glucides. Les bactéries
lactiques sont en général aérotolérantes. Cependant certaines espèces, habitants le tube
digestif des animaux sont anaérobies strictes. Même en présence d'O2 elles sont
incapables de réaliser la phosphorylation oxydative. L'absence de catalase est
caractéristique, mais certaines espèces acquièrent une pseudo catalase
Selon l'espèce bactérienne et les conditions de culture, le catabolisme du glucose peut
suivre une voie homofermentaire ou une voie hétérofermentaire.
Les bactéries lactiques homofermentaires transforment une molécule de
glucose en deux molécules de lactate par la voie des hexoses-diphosphates (encore
appelée la glycolyse d'EMBDEN-MEYERHOFF-PARNAS) et génèrent parallèlement
deux molécules d'ATP et du NADH2 qui est réoxydé en NAD pour assurer la poursuite
du processus fermentaire
C6 H12 O6 2 C3 H6 O
Les bactéries lactiques hétérofermentaires transforment une molécule de
glucose par la voie des pentoses-phosphates (encore appelée voie 6P-gluconate) en une
molécule de CO2 et une molécule d'éthanol ou d'acétate et génèrent parallèlement deux
molécules d'ATP et du NADH2 qui est réoxydé en NAD pour assurer la poursuite du
processus fermentaire
C6 H12 O6 C3 H6 O3 + CO2 + C2 H5 OH (ou C2H4O2 + H2O)
Le groupe des bactéries lactiques inclut les agentزs de fermentations produisant de l'acide
lactique : bacilles (Lactobacillaceae) et coques (Streptococcaceae).
1.6.1. Les cocci
Les Enterococcus, Streptococ