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Le "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology" (1923) a initialement servi à identifier les bactéries. En 1984, "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" proposait un catalogue phénotypique des procaryotes. La seconde édition (2001-2003), en 5 volumes, marque un tournant majeur. Elle intègre une approche phylogénétique basée sur les analyses moléculaires, enrichit les données écologiques pour chaque taxon et classe les pathogènes selon leur phylogénie, non plus par regroupement. La coloration de Gram, bien que phénétique, reste pertinente dans cette classification phylogénétique.
hapitre III : Principe de la taxonomie chez les bactéries (Bergey’s Manuel of
Systematic Bacteriology)
L'histoire du Manuel de Bergey commence en 1923, lorsque David Bergey, accompagné
de quatre autres chercheurs de l'université de Pennsylvanie, publie une classification bactérienne
nommée "Bergey's Manual of Determinative Bacteriology". Cet ouvrage visait à faciliter
l'identification des différentes espèces bactériennes.
La première grande évolution survient en 1984 avec la publication du "Bergey's Manual
of Systematic Bacteriology". Cette version présentait un catalogue exhaustif des procaryotes
(bactéries et archées) connus. La méthodologie employée reposait essentiellement sur une
classification phénotypique, se concentrant sur les caractéristiques observables des bactéries,
sans prendre en compte leurs relations évolutives.
Un tournant majeur s'opère avec la seconde édition, publiée entre 2001 et 2003. Cette
nouvelle version, composée de 5 volumes, reflète les avancées considérables réalisées en
taxonomie microbienne. Les principales innovations comprennent :
L'adoption d'une approche phylogénétique, remplaçant la classification purement
phénétique
L'intégration des analyses moléculaires pour l'étude phylogénétique
Un enrichissement des informations écologiques pour chaque taxon
Une nouvelle organisation où les pathogènes sont classés selon leur phylogénie plutôt que
regroupés ensemble
Il est intéressant de noter que la coloration de Gram, bien que traditionnellement
considérée comme un caractère phénétique, conserve son importance dans la classification
phylogénétique des micro-organismes
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